博士只是想摧毁巴别塔，让巴别塔的力量不会影响萨卡兹扩张，也可以停止他们继续对源石进行研究，但他并不想去杀死谁，特别是他身边的人，只是特雷西斯一直要她死，不然萨卡兹没法真的团结。博士看到了特蕾西娅解压缩源石的能力，有人说这是博士杀她的主要原因，我觉得不是，后面脑中幽灵只是说“制止她”，并不是杀死她。哪怕是关掉防御系统的最后一刻，博士也不想杀她。如果可以的话，或许博士更希望特蕾西娅被软禁起来。
剧情里博士对阿米娅的感情是真的很特别，与其说博士想保护巴别塔，不如说是想保护阿米娅。博士想让源石扩张，但又想治好阿米娅，剧情里（包括之前的剧情好像是打黑蛇的时候）阿米娅用是博士的血来抑制矿石病。