帝皇从来没有“否定国教”，帝皇很清楚帝国真理是个谎言

大拜寿结束后帝国在野兽战争和黑暗远征前是没有生存危机的，这段时间随着原体一个个退场甚至可以说是帝国逐渐从大远征的癫狂初创期转入平稳期，从神话时代转向凡人统治的好日子。
至于国教的价值，你想，40k的帝国连给星球收税可能都几十年来一次，帝国实际上是没法用武力掌控整个疆域的。思想统治是一种不那么有效但便宜好用的手段。

国教最重要的是提供一个不会出现问题的信仰实体对象，让帝国人的信仰对象导向帝皇。免得寻思到亚空间的其他危险玩意。

其实不是，泰拉围城战是人类帝国第一个谷底，打完了叛徒败逃基里曼休养生息帝国向上走了很久，一直到野兽战争才二次吃瘪了