指挥官在1代结局后，想凭借自己的威望让世界变得更好并且开始从政。
但高层并不希望这样的事情发生，于是开始政治斗争甚至派出刺客进行刺杀。
指挥官被逼无奈只能逃往黄区，一部分人形更忠于格里芬没有跟主角一起走。
另一部分和主角一起走的在逃亡途中被刺客追杀，因为刺客知道人形只要又备份和素体不会减员所以设下陷阱同时攻击指挥官和备份库。
最后人形们选择拯救指挥官导致备份库被毁，在逃亡过程中不断减员。最后指挥官和几个人形逃到了黄区外。
十年后。。。