秦始皇二十六年(前221)置下邳县，属东海郡（因东海郡治所在郯，故又曰郯郡），部分属泗水郡、薛郡。是下邳称县之始。

汉高祖曾封韩信为楚王，建都下邳，东汉明帝时(72)更临淮郡为下邳国。属徐州刺史部。移治于下邳。辖17县，为下邳辖区最大之时。
三国时魏置下邳郡。

西晋泰始元年（265），置下邳国，与彭城国俱属徐州。东晋改置下邳郡。

南北朝时先后置下邳郡、东徐州（525）、武州（535），北周静帝大象元年(579)，始建邳州，为下邳称邳州之始。

隋时置邳州，后改下邳郡（607）。
唐武德四年（621），废郡复置邳州，后改为下邳县。
宋置淮阳军（982），属京东东路，治下邳。

南宋时，县境为金所占，北境兼领兰陵县，金贞佑三年（1215），复置邳州。
元邳仍称州，宿迁、睢宁二县属之，以州属汴梁路。至元八年（1271）改属淮安府。十五年升为直隶州。

明代洪武元年（1368），置为直隶州，属南京中书省，兼辖睢宁、宿迁2县，州内设偃武、授贤、招贤、修文四乡。洪武十五年，改属淮安府。割修文乡属睢宁。

清代，康熙二十八年（1689），因避水患迁州治所于艾山南洪福山前（今邳州市邳城镇），时称“新邳州”或“旧州”。雍正三年（1725），升邳州为江苏布政使司直隶州，领宿迁、睢宁二县。十一年，一并改属徐州府。

中华民国元年(1912)，废州改置邳县。

民国23年(1934)，故黄河以南地区划归睢宁县。民国29年(1940)，陇海铁路以北部分建立抗日民丄丨主政权，仍称邳县；铁路以南建立邳南行署，民国31年(1942)改建邳南县，民国33年(1944)改建邳睢县；东部一带属邳县国民政丨府占领区。

1949年10月至1953年1月，邳县属山东省临沂地区，邳睢县属淮阴行政区。

1953年1月，撤销邳睢县建制，并入邳县，古邳等部分地区划归睢宁县；与山东省郯城县、兰陵县调整边境，恢复原制，归属江苏省徐州地区。

1992年7月，邳县设立邳州市。
1998年底，邳州市合沟镇与新沂市炮车镇置换，为今境况。

治所迁移：历史上，北宋以前境内所置国、县、郡、州、军的治所均为下邳城，金至清康熙二十七年（1688）间邳州治所为古邳城(今睢宁县古邳镇)，邳州、邳县治所为邳城(今邳州市邳城镇)，1954年以后邳县、邳州市人民政丨府驻地为运河镇。