有8U在讨论这个问题，写了个回复觉得不过瘾，另开一贴讨论。
首先用排除法，在西游原著里所有被取经团队打败和收复的妖怪都不可能成为终章BOSS，他们都是曾经的手下败将，完全不够牌面，包括牛魔大鹏镇元子这类超强实力的，不管是大圣靠实力打败的，还是托人找关系搞定的，都没有区别，他们都是手！下！败！将！但是这不妨碍他们成为各个关卡的BOSS，这不冲突。
直接对线大圣的可能性有没有？我认为可能性较大，光是想想与大圣对线都觉得很coooooooooooooool但不会是决生死，而是决胜负，毕竟击杀大圣……大家心理上不太能接受。
从目前已知的信息看，黑神话基本上是末法时代的感觉，是谁造成这样一个局面？有没有可能就是齐天大圣本尊？我觉得这样设定未尝不可，这一切背后的根源就是大圣，击败他，救赎他，拯救秩序。
但是如果玩过斗战神就会知道，黑暗的根源在天上！那么还要不要与大圣对线？这么coooooooooooooool的设定当然还是要保留，所以与大圣的战斗应该是开启后续故事的钥匙！你只有获得超越大圣的能力才有可能面对之后的残酷和黑暗。所以我觉得大圣即使不是终章BOSS，也应该会是极为关键的一场战斗，大圣更像是师傅和心灵导师，战胜他，他会给你关键的key,你才有资格面对最终BOSS，
玉帝和如来有较小可能成为终章BOSS，可能性较小是因为有ZZ不正确的风险，会惹麻烦。所以如果他们要出场，也应该是救赎，比如这二位的黑化另有原因，击败他，帮助他完成救赎。
抛开玉帝如来，我觉得最大的可能会是一个在西游原著中笔墨不多，但地位极高能力极强来自神佛一派的顶级神灵，不会是镇元子，没有新鲜感（但镇元子肯定会成为故事线里重要部分，原因玩过斗战神的应该都知道）。我猜终章BOSS可能是燃灯古佛这类的，牌面足够足够大（比如来成佛还早），你知道有这号人，但是又不熟。
答案未必是燃灯古佛，但是我觉得应该是类似的角色，8U们猜猜还有哪些可能。