一般来说，牙齿矫正后疼痛是身体正常反应，矫牙在短期内有疼痛是很正常的，这是身体组织的一种正常反应。当牙齿接受像牙齿矫正这种轻微而持续的外力时，牙齿本身是不会痛的，但是这个力道会使得位于牙齿与齿槽骨之间的牙周膜受到拥挤、拉扯，会有一种酸软感，不过一般都可以接受的，所以与其说是疼痛感不如说是酸软感。
这种酸软感维持时间一般不超过10天，大多数人3天内可缓解，不必过分担心。而且，大部分矫牙过程中的不舒服都在可忍受范围内，少数成年矫治者，疼痛反应较重时可在此期间适当服用止痛药。一旦疼痛时间过长或疼痛程度强烈，可在医生指导下采取止痛措施。
另外，牙套磨嘴也可能产生疼痛。
第一次戴上牙套后，吃饭说话时，牙套可能会磨嘴引起口腔溃疡，这时采用涂抹保护蜡的方法可以有效防止口腔溃疡的发生。一般一周的时间，口腔就能适应牙套，不需要再继续用保护蜡了。这种情况多数发生在传统金属托槽矫正器的案例上，其他矫正器相对来说比较舒适也比较少出现口腔溃疡的情况。