根据游戏剧情的设定，司令之所以会向9s坦白寄叶的秘密，是因为在那个时刻，他觉得这样做能最大限度地保护“人造人”和人类的关系。同时，在这个过程中他也可能认为2b不能完全信任来执行这个任务，或者出于对其他未知因素的考虑而做出这样的决定。至于为什么司令没有灭口的想法，这可能与他的性格和对9s的感情有关。从游戏中可以观察到，尽管他们之间存在许多矛盾和不理解，但他们对彼此也有一定程度的尊重和爱。因此，即使知道9s可能会对他们造成威胁，司令仍然选择告诉他真相而不是直接消灭他。