不会。
提醒一下，远港镇的支线完成度会影响远港镇居民对你的态度，进而影响主线最终的结果....

加入远港的原子核会，兄弟会线拿核弹时可以直接说自己也是原子核会的和平解决。

我进钻石城前远港都通关了

其实没什么大影响。本来DLC就是要做成独立的故事，不能与主线有太大纠葛的。
有一些很小的剧情区别，如果加入原子会，在发光海任务里你会路过一个原子教据点，可以直接和他们友好，获取信息并且可以在商人那里买补给品。同3L兄弟会线也有一些新剧情与对话。
发现阿卡迪亚之后可以选择将阿卡迪亚的消息告诉铁路，学院或兄弟会。告诉铁路没什么特别影响，后两者则会把阿卡迪亚给扬了（话说阿卡迪亚理论上应该是很强的派系，但剧情里任何其他派系一旦和阿卡迪亚敌对就可以把阿卡迪亚干了。。）
最后就是建议远港主线走三方共存线，因为这三派的商人都会定时补充新货，尤其是远港独有的食材只有在远港的商人才刷得到（寄居蟹，狼肋骨，兔腿等），这些食物烹饪后加不少属性，也算是废土世界重要的娱乐项目吧

玩聚落的话可以把远港的居民派到联邦，远港居民等级高点

dlc都不影响主线，多的是很多武器而已，正常流程就是主线中间去打dlc把dlc打完再主线，dlc武器比联邦**好的不是一丁半点而且都是三方势力