要删除3ds游戏存档，可以按照以下步骤操作：1. 进入主机设定，点击数据管理。2. 在数据管理界面，点击软件管理。3. 找到要删除的游戏存档，点击删除。4. 选择删除游戏时是否保留存档。5. 确认删除操作。如果游戏存档与游戏本体相连，在卸载游戏时，会弹出菜单提示是否连存档一起删除，选择第一项就连存档带游戏本体完全删除。需要注意的是，在删除游戏存档前，要确保已经备份了重要的存档数据，以免造成数据丢失。