彻底打败倭寇的过程中，戚继光组建了福建水师，加强了海防力量，同时也在陆地上组建了福建地方军，加强了陆防力量。他还采取了一系列措施，如加强训练、改进武器装备、加强军纪等，最终成功地打败了倭寇。