第一：功能不全
网上下载的版本一般都因为开发者的技术水平所限，导致人事管理系统功能不全，或是只是为了给用户试用，很多功能都增加了权限限制，导致用户无法体验整个软件的实际效果，也无法满足实际需求。
第二：数据丢失/泄密
一家公司每天都会产生很多的人事数据，这些数据都由人事管理系统来进行处理，而很多免费的人事管理系统是不具有相应的权限管理，以及大量并发数据的处理能力的，从而导致公司重要机密数据丢失或者泄露，这对于企业是极大的安全隐患，甚至可能造成重大损失！
第三：操作复杂
人事管理本身就有一定的复杂性，如人事、考勤、工资、绩效、招聘、培训等，各个模块之间存在着相互关联的情况，不同模块间数据关联处理比较复杂，免费的人事系统没有提供相应的培训和使用说明，会导致使用者难以正常使用各种功能。
第四：没有售后服务
人事管理系统选择知名品牌的一个最大好处，就是有售前售后的保障。如勤杰人事管理系统，售前有免费上门演示服务，面对面演示如何实现企业的需求，解答各种疑难问题；实施由拥有丰富经验的专业人员操作，保证系统成功稳定上线；贴心的售后服务更是赢得了用户的一致认可。而这些，免费的人力资源软件都不会有。