⼤脑与肠道之间存在着双向交流机制，最显⽽易见的例⼦就是两者之间关于饥饿和饱⾜信号的传递。
很多精神系统问题，都与神经递质的失衡有关。比如：焦虑、抑郁、⾃闭、帕⾦森，甚⾄是⽼年痴呆。⽽⼤部分的神经递质都产⾃肠道，由肠道菌群与其代谢物参与其中，并起到核⼼作⽤。从某种意义上讲神经递质失衡就是菌群失衡。