想通了，如果F表示的是被输送物体的合外力。F就是摩擦力-ma没错。THK手册上的F应该不是被输送物体受到的合外力，而是电机驱动的力，电机驱动的这个力在加速时需要克服摩擦力以及惯性力，所以加速时是摩擦力+ma，减去时是摩擦力-ma，匀速时则直接只有摩擦力。
反证，如果THK上的F是被输送物体的合外力的话，匀速阶段合外力应该是0，不是摩擦力。综上，THK手册上的F是电机的驱动力。