南京构建“一环十五线”的铁路线网格局。其中，“一环”是指南京铁路环形枢纽；“十五线”是指京沪高铁、沪宁城际、宁通城际、宁常沪城际、宁杭城际、宁安城际、宁连城际、宁合城际、扬马城际（沿江轨道Z1线）等9条客运专线，以及京沪铁路、宁启铁路、宁杭铁路、宁芜铁路、合宁铁路、北沿江铁路6条普速铁路。
与“一环十五线”相配套，南京将建设大小共17个客运火车站，形成“两主、三辅、十二城际站”的车站布局。其中，“两主”是指南京南站、南京站；“三辅”是指林场站、江浦站、紫金山站；“十二城际站”是指沪宁城际线上的仙林站和栖霞站；宁常沪城际线上的汤山站；宁杭城际线上的上坊站、湖熟站和溧水站；Z1线上的禄口站；宁安城际线上的板桥站和江宁南站；宁通城际线上的葛塘站和六合站；宁合城际线上的汤泉站
南京站今后主要作为城际铁路的经停或始发站。
林场站、江浦站、紫金山站三个主要是为了方便未来江北、仙林2个副城的居民乘车，不用再都大老远跑到主城乘车。其中，紫金山站建在沪宁高速以北、绕城公路以东的区域。
另外十二个城际车站，主要是为了方便未来汤山、禄口、板桥、桥林、永阳等8个新城的居民就近乘车。
17个火车客运站，并不包括南京西站和雨花台附近的宁芜铁路南京南站。