萨熙的故事
背景故事
卡利卡特每年2月会举办洒红节，需要大量染料。萨尔曼-卡普尔是卡普尔商会会长，几乎垄断了染料供应，并组织舞女团在洒红节进行表演，但暗地里以招募舞女为名将应聘者作为奴隶卖往马斯喀特。过去曾有一名大明商人爱上了舞女米娜，在离开卡利卡特之际没有等来米娜，写下书籍《绯红的庆典》，但多年后调查发现萨尔曼将米娜卖作奴隶，奴隶船在印度洋中沉没，于是大明商人在卡利卡特大闹到总督府后未果，被总督剥夺所有财产后丢去巨港，最后精神失常但在《绯红的庆典》结尾处留下了线索，这本书最后流转到了巨港书库。
萨熙的故事开始了
萨尔曼想获取商业公会会长位置，于是用中断染料供应来威胁商业公会会长，同时驱赶萨熙所在的僧团来逼迫萨熙加入舞团，导致萨熙将萨尔曼视作仇人并想要揭露他的罪行。虽然萨熙的僧团不想反抗萨尔曼，但萨熙决定独自对抗萨尔曼，并希望僧团能找到一个新去处以避开自己失败后萨尔曼的报复，僧团委托船长寻找新的收留地（云睦）。萨熙建造新船并组织本地商人恢复染料供应（静间芳隆），同时调查萨尔曼拐卖人口的证据（阿卜杜拉、安德鲁）。
分歧点
1、阿卜杜拉和安德鲁调查后发现了大明商人留在《绯红的庆典》中的证据。安德鲁还依靠自己葡萄牙知名冒险家的身份，从总督那里得知曾经为了和萨尔曼合作而压下了米娜的案子，现在已经不打算帮助萨尔曼，萨尔曼在淡季时会和马斯喀特商人交易等情报。
2、调查未果后，萨熙决定潜入萨尔曼舞团所在的船只直接寻找证据，虽然萨熙被发现，但所在的奴隶船被追上并解救（云睦和静间芳隆）。云睦还从僧人那里得知了洒红节的由来。

阿吉故事线
背景故事
暹罗和高棉的几次战争，高棉首都吴哥窟数次沦陷（历史真实事件）。阿吉所在的高棉贵族家族为了逃离战火而离开玫瑰花园逃往金边，行李被遗落在湄公河中的临时码头上，父母在逃亡中死去，阿吉成为家主后为了养活家族，组织了海盗船队。荷兰东印度公司商人罗纳德在嘉定遭遇船难时被阿吉救下，于是和阿吉建立联系，罗纳德卖出玫瑰旗帜并提供阿吉资金，而阿吉不抢劫悬挂玫瑰旗帜的船队。阿吉将抢来的钱都散发给了穷人，但外界都在流传阿吉将宝藏藏了起来，引来很多人寻宝。玫瑰花园荒废后被强盗占据，里面上锁的宝箱的钥匙遗落在湄公河中的临时码头上，宝箱里放着阿吉小时候的照片。阿吉家族也有人不愿意当海盗而离开，阿吉也开始考虑放弃当海盗，让族人开始新生活。
四名主角略有不同的故事
云睦在巨港建立商会，得知受到大商会邀请加入后悬挂玫瑰旗帜可以避免被海盗阿吉抢劫，但需要缴纳高额保护费，在马六甲附近被阿吉盯上，为了击败阿吉调查罗纳德和阿吉的关系，纳赛尔出现提出作为内应帮忙引出阿吉，但在海战中偷走阿吉的藏宝图后前往玫瑰花园。和阿吉一起前往玫瑰花园追赶纳赛尔，纳赛尔在玫瑰花园没找到宝藏还被强盗攻击。
静间芳隆希望消除加拉瓦欠罗纳德的债务，而罗纳德被北大年总督警告后，想要撇清和阿吉的关系。于是罗纳德委托静间讨伐阿吉。纳赛尔出现提出作为内应帮忙引出阿吉，后面的剧情和云睦一样。解决海盗问题后回去找罗纳德，发现罗纳德已经留下借条后溜了。
阿卜杜拉主动袭击阿吉，然后纳赛尔提出寻宝比赛，去巨港翻书后找作者托姆获得湄公河码头线索找到钥匙，去玫瑰花园找到阿吉小时候的照片，给阿吉看照片。（阿吉加入时会说，阿卜杜拉，第一次见面的时候就觉得，我们很像。）
安德鲁主动袭击阿吉，主动接纳赛尔的巨款订单后被骗选择不和纳赛尔合作，马六甲的葡萄牙总督委托调查失联的探险家托姆，去巨港翻书后找到托姆，帮托姆调查湄公河码头和玫瑰花园，打开玫瑰花园的宝箱，遇到被困在玫瑰花园中的纳赛尔，救下后纳赛尔加入，回报托姆时发现托姆已死，把托姆的探索信息带给马六甲总督，之后在洛布里遇到追查叛徒纳赛尔的阿吉，给她看照片。

加勒比拿骚故事线
去除主角情况下的故事整合
柯尔特斯家族负责一支西班牙珍宝船队的护卫工作，这份美差自然引来其他家族的垂涎，其中包括了在西班牙相当强势的冈萨雷斯家族。卡洛斯-柯尔特斯的父亲和哥哥在战争中离世，使得家族衰弱。为了缓解矛盾，卡洛斯将妹妹伊莎贝拉嫁给了冈萨雷斯家族的三子，但伊莎贝拉希望前往新大陆见哥哥卡洛斯，和海盗卡斯特罗一起逃往新大陆，使得冈萨雷斯家族对卡洛斯不满，于是胡安-冈萨雷斯设计将珍宝船航线透露给了威尔士私掠船长亨利（胡安-冈萨雷斯，在比阿特丽斯的剧情中也出现过，持有永远的奥古斯都的贵族）。
雅卡希望炸毁北美西部的金矿来阻止部落间的战争并延缓欧洲冒险家发现金矿，同时也不放心让手下的海盗参与，决定单干。
亨利，这个威尔士私掠船长看不起拿骚海盗和西班牙珍宝船队的掠夺，打算在抢劫珍宝船队的同时削弱拿骚海盗的实力，于是弯下腰邀请拿骚海盗加入珍宝船狩猎，并把主攻位置让给拿骚海盗，而黑胡子作为拿骚海盗领袖自然不会放过这个亨利示弱且千载难逢的机会，打算在狩猎珍宝船同时吃掉示弱的亨利。雅卡因为要单独去炸金矿准备退出，把手下的舰队交给了黑胡子。卡洛斯-柯尔特斯预料到海盗会来打劫珍宝船队，准备设下埋伏。
于是，黑胡子堵在珍宝船队前进方向（拿骚侧），亨利堵在珍宝船队撤退方向（哈瓦那侧）前后堵截，卡洛斯设下伏击用护卫舰队大败黑胡子，抢下黑胡子旗舰安妮女王复仇号，并让珍宝船队撤离战场，但珍宝船队中出现叛徒（应该是胡安-冈萨雷斯安插的），使得亨利成功洗劫了两艘珍宝船。卡洛斯回收珍宝船队后追击亨利未果，回到哈瓦那后遇到得知珍宝船被劫消息来访的胡安-冈萨雷斯，胡安带来国王命令接管珍宝船队护卫工作，并让卡洛斯同行返回塞维利亚。安妮女王复仇号因为损毁关系无法同行，被拖到了圣多明各，安排少量守卫看守和大量伏兵想要诱捕黑胡子，黑胡子跳入陷阱后引爆了船上的火药，完美谢幕……然后跳海逃了出来。亨利带着珍宝船财宝回到了英国，但因为英国和西班牙已经和谈，被判处叛国罪，最后散尽家财获得自由身。雅卡炸毁金矿后回到拿骚，意识到海盗的时代将要落幕，而自己也不再需要堵截冒险家。
四名主角的不同故事
云睦：雅卡得知云睦找到北美西部的金矿后，抢走云睦的笔记并邀请云睦一起炸毁金矿，按照雅卡的判断，该金矿很难靠一个人炸毁，需要外部内部一起点燃火药，而云睦观察后发现洞穴靠湖，用湖水灌满了洞穴，但在往返新大陆东西岸期间错过了珍宝船大劫案。（直到1848年，约翰-奥古斯特-苏特尔发现了加利福尼亚的黄金，但这却为他带来了厄运，详情请见《人类群星闪耀之时》）
静间芳隆：亨利以珍宝船图纸为报酬，邀请静间参加珍宝船狩猎，最终静间芳隆的舰队洗劫了珍宝船队，亨利和黑胡子中了护卫舰队的伏击后损失了大部分船只，送亨利回牙买加，之后前往伦敦拿约定的珍宝船图纸，看到亨利被判处叛国罪。
阿卜杜拉：为了解救玛玛的族人，希望和西班牙总督搞好关系，在拿骚外救下总督船队，回哈瓦那得到卡洛斯的支持从总督那里获得解救用信件。得知卡洛斯出航后前去帮忙，卡洛斯舰队被叛徒袭击，击破亨利和黑胡子的舰队，回到哈瓦那遇到胡安-冈萨雷斯，卡洛斯质疑胡安-冈萨雷斯来得真快。胡安带来国王命令接管珍宝船队护卫工作，并让卡洛斯同行返回塞维利亚。在塞维利亚将卡洛斯革职。
安德鲁：黑胡子买下埃弗里船长的航海记录后，下属都在解谜中，安德鲁自告奋勇解开埃弗里船长宝藏之谜后被黑胡子看好，返回时被海盗打劫时受到黑胡子帮助，得知黑胡子参加珍宝船狩猎后跟上去，被卡洛斯视为黑胡子同伙而遭到攻击，救下黑胡子后前往圣多明各观看谢幕。

剩下的一些有趣的小故事收集
船王王心奉
云睦线中，王心奉说自己离开故乡漳州二十余年了。
静间芳隆称呼马尼拉的王心奉为船王（父亲的朋友）。
江户的诸白酒一书就是船王所写，曾逃难到长崎，十一年后组织船队南下东南亚。
云睦线，沈什的缉贼任务结束后会说，我已决心要跟随小姐左右，君子一言，快马一鞭，又怎会反悔。
卡特琳赌局中擦一个月甲板的对象，沈什（云睦），加拉瓦（静间芳隆），乔伊丝（安德鲁），纳赛尔（阿卜杜拉）。

阿卜杜拉线无法获得精神传承CG。由于海伊尔负责解说，支线中不会离队，导致前往巴士拉后不会有海伊尔授课的精神传承CG。
贝格鲁特加入和背叛时对话都有所不同。不过由于不知道贝格鲁特加入时哪些话是真的，所以不在这里汇总了。
还有安德鲁，唯一被加拉瓦忽悠住的主角，而且看到纳赛尔上阿吉的船后也想上去但被乔伊丝拉住。居然是四主角中甜言蜜语成功率最高的。
以及拿骚的幕后黑手，克洛伊。为什么收集四天王后克洛伊没入队啊。

云睦独特的书不止一本，是三本。拿完三本给这个金像的线索。

插眼，好贴支持一波

和氏璧不是特有发现物，都可以找到的

这不加精？

阿卜杜拉在剧情中能抢到一些白名但比自己改出来的白名同型船要好的船，例如亨利的旗舰和黑胡子的旗舰