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8+!Conventional CD4+ T cells相关的lncRNAs,预测肝细胞癌的预

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背景
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是癌症相关死亡的第二大原因,在世界范围内的发病率不断上升。HCC主要通过手术(切除和移植)和/或多种辅助治疗联合治疗,但是HCC的患者的预后仍是不乐观的。已有研究表明,CD4+T淋巴细胞可抑制肝癌发生,介导肿瘤消退,CD4+ T常规淋巴细胞(CD4+ Tconv)在HCC中起关键作用。越来越多的研究表明,长链非编码RNA(lncRNA) 在包括HCC在内的病理过程中起着重要的作用。但是与CD4+ Tconv相关的lncRNA对于HCC患者的预后价值鲜有研究。
方法
1,Pearson算法计算CD4+ Tconv相关lncRNA和基因的相关性;
2,LASSO,单因素COX,多因素COX用来构建预后模型;
3,Survival和rms包用来构建列线图;
4,clusterProfiler 包用于进行GO和KEGG富集分析;
5,GSEA用于高低风险组的富集分析;
6,TIMER2.0用来分析高低风险组之间的免疫细胞的浸润;
7,ESTIMATE用于计算免疫评分、估计评分和间质评分;
8,Maftools 被用来分析TMB;


1楼2023-01-12 16:36回复