背景
肝细胞癌(LIHC)是最具侵袭性的癌症之一。癌症统计数据显示,2020年全球有90.6万例新发肝癌病例和83万例死亡,75%-85%的肝癌病例类型为LIHC。在过去的几十年中,人们努力提高对LIHC的理解,据报道许多分子促进LIHC的启动和进展。例如,GOLM1可以通过调节EGFR/RTK细胞表面再循环来驱动LIHC转移,Hsp90α依赖性Bclaf1可以通过调节c-MYC mRNA稳定性来促进LIHC增殖。然而,仍然缺乏有效的生物标志物,LIHC的机制在很大程度上仍不清楚。
近年来,ZBTB蛋白是核转录因子的家族蛋白。这些基因可以通过与相应的顺式调控元件结合参与多基因转录的调控。值得注意的是,据报道,其中许多成员在多种癌症的发展中起着重要作用,例如ZBTB27,ZBTB28,ZBTB33和ZBTB7。最近,对于LIHC,许多研究报告了ZBTB20与LIHC进展之间的关联。鉴于这些,ZBTB蛋白在LIHC中的作用值得探索。ZBTB9是ZBTB蛋白的成员,其表达与肿瘤发展之间的关系研究不足。总之,本研究旨在确认ZBTB9作为新型生物标志物和治疗靶点的潜在能力,同时为LIHC的潜在分子机制提供新的见解。
方法
1,TIMER数据库探索不同肿瘤与邻近正常组织之间ZBTB9的表达景观;
2,GEPIA获得了LIHC中与ZBTB9最相关的前50个基因;
3,使用R包pROC描绘了ZBTB9的受试者工作特性曲线(ROC)以显示其诊断价值;
4,cBioPortal数据库用于评估ZBTB9在癌症中的遗传改变景观;
5,UALCAN数据库获得了不同临床特征下ZBTB9启动子甲基化水平的箱线图;
6,CellMiner在线数据库获得药物治疗效果与基因表达水平之间的相关性。
7,TISIDB数据库分析了ZBTB9与TIME之间的相关性,包括肿瘤浸润淋巴细胞、免疫细胞共抑制剂和共刺激因子。
8,采用基因集富集分析(GSEA)方法通过clusterProfiler包研究ZBTB9在LIHC启动和进展背后的潜在机制。
肝细胞癌(LIHC)是最具侵袭性的癌症之一。癌症统计数据显示,2020年全球有90.6万例新发肝癌病例和83万例死亡,75%-85%的肝癌病例类型为LIHC。在过去的几十年中,人们努力提高对LIHC的理解,据报道许多分子促进LIHC的启动和进展。例如,GOLM1可以通过调节EGFR/RTK细胞表面再循环来驱动LIHC转移,Hsp90α依赖性Bclaf1可以通过调节c-MYC mRNA稳定性来促进LIHC增殖。然而,仍然缺乏有效的生物标志物,LIHC的机制在很大程度上仍不清楚。
近年来,ZBTB蛋白是核转录因子的家族蛋白。这些基因可以通过与相应的顺式调控元件结合参与多基因转录的调控。值得注意的是,据报道,其中许多成员在多种癌症的发展中起着重要作用,例如ZBTB27,ZBTB28,ZBTB33和ZBTB7。最近,对于LIHC,许多研究报告了ZBTB20与LIHC进展之间的关联。鉴于这些,ZBTB蛋白在LIHC中的作用值得探索。ZBTB9是ZBTB蛋白的成员,其表达与肿瘤发展之间的关系研究不足。总之,本研究旨在确认ZBTB9作为新型生物标志物和治疗靶点的潜在能力,同时为LIHC的潜在分子机制提供新的见解。
方法
1,TIMER数据库探索不同肿瘤与邻近正常组织之间ZBTB9的表达景观;
2,GEPIA获得了LIHC中与ZBTB9最相关的前50个基因;
3,使用R包pROC描绘了ZBTB9的受试者工作特性曲线(ROC)以显示其诊断价值;
4,cBioPortal数据库用于评估ZBTB9在癌症中的遗传改变景观;
5,UALCAN数据库获得了不同临床特征下ZBTB9启动子甲基化水平的箱线图;
6,CellMiner在线数据库获得药物治疗效果与基因表达水平之间的相关性。
7,TISIDB数据库分析了ZBTB9与TIME之间的相关性,包括肿瘤浸润淋巴细胞、免疫细胞共抑制剂和共刺激因子。
8,采用基因集富集分析(GSEA)方法通过clusterProfiler包研究ZBTB9在LIHC启动和进展背后的潜在机制。