里死海文书》是Seele 执行“人类补完计划”的具体规程，里面详细记录了计划的全部过程。Seele 为了阻止神毁灭他们所建造的千年王国，决定要背叛神，消灭使徒。他们是想将EVA与亚当置于自己的支配之下， 利用其为兵器，在地上建立神国。碇源堂、冬月幸增、碇唯看穿了 Seele 的目的，不断破坏计划。Seele的再生计划虽然持续的进行着，但钉在十字架上的莉莉斯已不再有灵魂，不但欺瞒了 Seele，也骗过了使徒。但执行仪式用的御制亚当的隆基亚斯之枪被意见分歧的碇源堂以与使徒作战不得已的借口，由零号机抛到了月球轨道，处于不可回收的状态。Seele也已无法对亚当作任何的控制了。 所以到最后Seele索性将使徒直接送来， 想令莉莉斯以自爆来消灭NERV。