4剧情是一些超级企业联合起来，使用自家积聚的武装（包括普通mt和驾驶ac的佣兵）消灭了影响力衰退的世界各国、建立了新的统治秩序（pax economica和平经济），不久他们内部也开始针锋相对、分化成了两个阵营、并且招募余下的ac佣兵相互攻击，这场大战被称为lynx/links战争。

fa剧情是企业佣兵战争10多年后，因为大量小岛粒子污染地表（其中应该也有4剧情里被破坏的南极粒子发电厂或者是类似设施造成的泄漏），幸存和重组的企业联合建造了名为摇篮（cradle）的多艘巨型飞船、将一批人类（多数应该是他们自己的员工）移送到尚未被污染的高空进行半永久式航行，此外他们成立了collard机构管理和约束雇佣的ac佣兵，并且还建造了各自的巨型堡垒（arm fort）驻守、威慑各个区域。不过有一支名为orca旅团的武装组织异军突起，宣布对企业联合发动攻击。玩家一开始是跟着企业路线推进，最终毁灭了orca旅团，保护企业和摇篮飞船在天上侥幸生存；在后续周目里玩家可以加入orca旅团，随着他们击破各个武装堡垒、夺取企业联合的能源补给站和陆基轨道炮的控制权，最终使用轨道炮击毁了分布在外层空间的防卫卫星群，促使幸存的人类离开地球以图生存。
但另一个分支里，orca中有个叫old king的成员会拉拢玩家一同破坏摇篮飞船团、造成1亿多人死伤的结局。