CALIBRE的KEPUB输出插件当然也是非常有用的(前提是你需要KOBO专有功能),作者也强调,主要是针对用CALIBRE管理书库的用户(比如无线传输,本地服务器,NAS应用等等),所以用保存文件的方式他不会直接输出EPUB后缀,只会在发送到设备按钮的时候输出EPUB后缀文件(估计多少有规避KOBO官方和区隔KEPUBIFY的意思),如果你非要KOBO直接能用的*.kepub.epub文件,他也是建议自行改名。
当然,CALIBRE默认设置会输出一大堆文件夹文件很臃肿,按以下设置即可输出单文件:

去除子文件夹,高亮部分去掉只留title即可输出单文件。