医院设有神经外科、手外科、神经病学、传染病学、中西医结合临床、泌尿外科、肾病科、心血管科、影像医学和核医学、普外科重点学科10个，骨科、护理专科、检验科、重点实验室（手外科）、重点实验室（抗生素）、内分泌科、神经外科、手外科、神经内科、中医专业（肺病）、皮肤科、泌尿外科、肾病科、外科、消化科、肿瘤科、感染科、康复医学科、运动医学科、医学影像科重点专科20个，临床药事、神经内科、皮肤科、激光治疗、核医学、职业病诊断、神经外科临床质控中心7个，WHO研究与培训合作中心1个，重点实验室、各类研究所、中心近20个。