1332年元文宗病逝,临死前对毒死皇兄感到悔恨,决意传位给兄长的儿子。当时和世剌有两个儿子,长子妥欢铁木耳被元文宗先发配到高丽,又转往桂林,已经13岁,幼子懿璘质班年纪尚幼,年仅七岁。为了便于控制,燕帖木儿先立幼子为帝,即元宁宗,但是元宁宗不到两个月就病逝了。于是燕帖木儿只好到桂林迎立妥欢帖木儿,因为对妥欢帖木儿比较疑惑,所以燕帖木儿迎回妥欢帖木儿后,没有马上立为皇帝。这是燕帖木儿暴病而死,于是妥欢帖木儿继位,就是元顺帝。
元顺帝继位后,任命拥立元文宗同样有功的伯颜为右丞相,燕帖木儿的弟弟撒敦为左丞相,同时册立燕帖木儿的女儿为皇后。不久,燕帖木儿的儿子唐其势继承其叔叔撒敦为左丞相。唐其势想和伯颜一决高下,结果被伯颜击败,燕帖木儿的势力包括唐其势和皇后都被伯颜铲除,伯颜开始大权独揽。
伯颜的侄子脱脱对伯颜大权独揽感到不满,在他的老师吴直方劝导下将伯颜推翻,从此皇权归到元顺帝,元顺帝任命脱脱为丞相,开始了一系列改革,因为当时年号为至正,因此这段时期史称“至正中兴”。
但是元朝已经积重难返,由于治理黄河,大批民工在白莲教徒刘福通率领下起义,史称红巾军大起义。与此同时,在湖北,白莲教徒徐寿辉发动起义呼应。在江浙,盐民张士诚也发动了起义。与此同时,也出现了察罕帖木儿李思齐等帮助朝廷镇压农民起义的地主武装。
这时候,元顺帝任命脱脱统领大军镇压农民起义,脱脱首先在徐州取得胜利,然后兵围高邮张士诚,这时候朝中有脱脱的反对派叫哈麻奏本,最终元顺帝削夺了脱脱的兵权,哈麻又以元顺帝的名义赐死脱脱。脱脱统帅的兵马溃散,已经陷入低谷的农民起义重新迎来高潮。
脱脱手下兵马溃散后,朝廷主要依赖的部队一是民间地主武装,主要是察罕帖木儿,二是元朝将领答失八都鲁的川军,在镇压徐寿辉起义方面很有成效。于是元顺帝把答失八都鲁的部队也调遣到中原。察罕帖木儿被起义军将领田丰诈降刺杀,察罕帖木儿的外甥扩廓帖木儿,也就是王保保接掌兵权。同时川军进入中原后,答失八都鲁战死,答失八都鲁的儿子孛罗帖木儿接掌兵权。结果孛罗帖木儿的军队和王保保的军队发生矛盾,朝中也有两派分别支持孛罗帖木儿和王保保。由于奇皇后和皇太子支持王保保,孛罗帖木儿被削夺军权,孛罗帖木儿不服,率军队进京,皇太子逃到王保保处避难。元顺帝不得不任命孛罗帖木儿为丞相,孛罗帖木儿在大都胡作非为,元顺帝忍无可忍,与义士联合将孛罗帖木儿处死。
这时候,南方的几只起义军都被朱元璋统一,朱元璋建立大明,命令徐达和常遇春北伐,元顺帝急忙命令王保保回援大都,王保保不从。这样,大都被徐达常遇春攻陷,元朝灭亡。元顺帝率领妃嫔和大臣逃出塞外,从上都又奔应昌,1370年在应昌病死。