一、在边境设立检查点
1、边境两地两检
两地在各自的境内分别设置一个边境车站，旅客从A至B，需在A的边境车站接受出境检查，接着在B的车站接受入境检查。
例子1：维也纳至布加勒斯特的347次，在Lőkösháza接受申根区的出境检查，接着在Curtici进行罗马尼亚的入境检查。
例子2：北京至莫斯科的K3次，在二连浩特接受出境检查，接着在扎门乌德进行蒙古的入境检查。
2、边境一地两检
这种一般只适用于一地只有一个停站的情况。如B的境内只有一座车站服务于跨境列车，就把A和B的出入境检查点都放在B的这个车站。
例子1：泰国至马来西亚巴东勿刹的列车，在马来西亚只有巴东勿刹一个站。
从泰国各站过来的乘客，在巴东勿刹站下车后，先进行泰国的出境检查，紧接着就进行马来西亚的入境检查；
从巴东勿刹站出发的乘客，则需在上车前，接受马来西亚的出境检查，紧接着进行泰国的入境检查。
例子2：大陆至香港的高速列车，在香港境内只有西九龙一个站。
从大陆各站过来的乘客，在西九龙站下车后，先进行大陆的出境检查，紧接着就进行香港的入境检查；
从西九龙站出发的乘客，则需在上车前，接受香港的出境检查，紧接着进行大陆的入境检查。
3、边境一地一检
这种适用于A和B“都没有出境检查”的情况，只用在边境车站设置入境检查就行。
例子：加拿大多伦多至美国纽约的枫叶号。从美国过来的乘客，只需在加拿大边境车站接受一次加拿大入境检查；从加拿大过来的乘客，只需在美国边境车站接受一次美国入境检查。
二、在出发/到达地设立检查点
1、出发/到达地两地两检
这种情况类似于航空的模式。在始发地进行出境检查，终到地进行入境检查，这就造成跨境旅客只能是始发-终到的区间旅客，并且跨境旅客的车厢不能和境内车厢互通，另外中途的停站都无法办理跨境业务。
例子：上海至香港红磡的Z99次，上海上车前办理大陆出境，红磡下车后办理香港入境。
2、出发/到达地一地两检
把A和B的出入境检查点，放在A和B的办理跨境旅客业务的所有车站。这样所有的跨境旅客在任意一个车站上车前，把出境和入境手续都一起办完，下车后就可直接前往自己的最终目的地。这种情况也需要与境内车厢不互通的跨境旅客车厢。
例子：欧洲之星。
从申根区前往英国的旅客，在申根区的任意一站上车前，先接受申根区的出境检查，再接受英国的入境检查，下车到达英国之后无需再进行任何边境检查；
从英国前往申根区的旅客，在英国的任意一站上车前，先接受英国的出境检查，再接受申根区的入境检查，下车到达申根区之后无需再进行任何边境检查