魔法靠相位支持，而相位摩擦会产生很大的悲剧（参考亚雷斯塔），而世界所能承受的相位也有限，本来供魔法侧来叠加是完全够用的，但是科学侧的迅速崛起产生了新的异端，无数的相位被叠加在这个世界上，科学侧的异端过于膨胀导致了魔法侧的生存空间被大大挤压，再这样下去相位会崩溃，魔法师的愿望也不会再得到回应，不会受到幻想杀手的庇护，而幻想杀手的持有者却在帮助魔法侧的同时，还在保护着科学侧。为了夺回幻想杀手，避免亚雷斯塔的悲剧在魔术师们身上再次上演，以右方之火、茵蒂克丝、圣人第一位和土御门元春（威胁到舞夏了，所以站在科学侧对立面）等为首的魔法侧总联军（包括后格雷姆林在内的诸魔法结社）联合恐惧学园都市力量的以罗伯特卡崔为首的一般侧，发起了对科学侧异端发起点学园都市的总攻（目的是为了尝试消除科学侧异端所叠加的相位，夺回幻想杀手。而且这次的战斗是为了魔法的生存而战，不同于以往的黄金和清教对学园都市的进攻），魔法与科学再次交织。
而这次的亚雷斯塔，毫不犹豫的站在了自己推动的科学侧的一侧（众所周知，亚娘没有寄），与现任统括理事长一方通行一起，与魔法侧代表欧雷尔斯和安娜进行了谈判，不料在中途被艾华斯和西尔维亚偷袭，被赶来的上条当麻和滨面仕上所救了下来，这场事关魔法侧一般世界与科学侧的战争不可避免的打响了，没有利益冲突，没有所谓正恶，双方都是为了生存而战斗。
作为统括理事长，一方通行以人类的躯体接触到了神净讨魔，得知了自己真实名字的含义——成为宇宙的毁灭者，与世界的修复者、被赋予的神净讨魔之名的上条当麻对立，进行最后的战斗，虽有不甘，但是一方隐藏了这个秘密。
战争很惨烈，由学院都市这些学生和大人们组成的战斗队伍（警备员，风纪委员，无人兵器群，营巢部队和超能力者联军等）还是保护住了学园都市，但是整个学院都市也基本毁的不成样子了。而同为科学侧对手的一般世界的人，则是使出了阴招，利用学生家人的姓名，逼迫学园都市投降。众学生纷纷表示要用自己的生命来换取家人们的安全，直到……
黄泉川爱穗站了出来，发出了自己的声音，指出了这件事的错误性，和能力者们现在的真实心理，打动了包括罗伯特卡崔在内的一般侧管理，一般侧正式退出战斗。
在失去了一般世界的支持后，魔法与科学的战斗最终打响了，面对诸位魔法师的进攻，削板军霸等人，无论他们的善恶，都为其他人的生存献出了自己的生命。上条看到了惨剧的发生，本想交出自己的上条当麻却看到包括托尔，神裂火织，茵蒂克丝在内的诸多朋友都站在了魔法一侧，上条当麻站了出来，勇自己打力量放弃了幻想杀手，用里幻的力量击退了大部分敌人，基本终结战斗。但是因为诸位魔法师的愿望都化为了一个，导致幻想杀手异常，甚至像理想放逐那样，开始了对上条当麻个体的修复，上条当麻被里幻和幻想杀手所反噬，消亡在了世界上，本该如此。
幻想杀手在失去了名为上条当麻的基准点之后，发挥出了原本的力量，让世界回归了基准点，没有科学，没有魔法，就如同现在的地球，无比平常，变为了一般世界，异端的相位全部失去作用，异端好像没有存在过一样，所有人都在如同现实世界一般生活着。
不过有三人保留了记忆，关于异端的记忆。被困在了一般世界。
毁灭者一方通行，思念者御坂美琴（因为对上条当麻强烈的爱化为了她的基准fianc，所以并没有被修复），理解者欧提努斯。但是在真×幻想杀手作用下恢复力量的欧提努斯却无法再对这个世界叠加任何相位，三人感觉上条当麻还存在，于是开始寻找上条当麻。
而上条当麻，在即将被吞噬的时候，被神净讨魔救了。
神净讨魔首先就推翻了魔神所秉持的唯一宇宙论，并表示要不是因为自己的眼泪（也就是上条当麻的灵魂）无意间掉落到了上条当麻的世界上，让维持世界的幻想杀手寄宿在了上条当麻的身上，那么上条当麻的世界就不会是主宇宙。幻想杀手存在于这个世界上，是神净叠加的第一个相位，所以幻想杀手不仅是相位的修复点，还是相位的发起点。
而上条当麻所经历的事件，看似是上条当麻终结了，但追溯本源，其实是上条当麻所发起点。
上条当麻无法否认，而神净告诉他，自己其实是包括上条当麻所在的宇宙在内的所有宇宙的掌管者，宇宙的意识所在，而他所做的工作，只是将上条当麻是否挥舞右手所分裂出来的世界控制在一定数量，以免三维宇宙的崩坏。不同于魔神，他所做的更加为所欲为，不只能叠加相位，还能消除相位，是宇宙唯一真神般的存在。
而他的存在，离不开上条当麻的作用，正是因为上条当麻不断挥舞右手，产生新的宇宙，才让宇宙需要掌权者，不会让神净悲宇宙放逐。
神净是全知全能的，所有异端非异端都能被他利用，而他找到上条当麻的意义是，收回他灵魂在上条当麻身上的一部分，这样他就会成为真正的宇宙的秩序，成为这个宇宙，就可以永远存在。不至于被遗忘。
但上条当麻拒绝了，神净讨魔给出的条件确实无法拒绝，但是上条这个神的灵魂，已经被赋予了人的本格，拥有了人格。
上条当麻珍惜现在自己建立的关系网，虽然知道缺了自己照样行，但是他想回去，回去成为日常。
仅此而已。
宇宙秩序vs人类的战斗也打响了。
上条当麻失去来里幻和幻杀，现在只是个普通的人类。
上条当麻凭借自己对关系网里每一个人的思念，对这里面每个人的记忆，以自己的意识，化作了不被神净所控制的异端。
世界被修复的异端全部聚集在了上条当麻的身上。
人类差点打败世界。
可惜鸿沟不可逾越。
上条当麻被击倒，开始被神净讨魔吸收。
但是神净的预言成为了现实，一方通行站在了他的面前，与他展开了最后的战斗，就当他以为只有一方的时候，欧提努斯和御坂美琴也站在了上条当麻的前面，不断的抵抗着世界，以自己的力量帮助着上条当麻，即使他们知道自己终会被消灭。
但这次，他们三个真正的站在了上条当麻的前面，来保护他。
但是神净可不吃这套，虐菜般打败欧提努斯和一方通行后，他冲向了上条当麻，不过这次进攻被御坂美琴挡住了，御坂被穿腹，开始消亡。
“笨蛋，这次……换我来保护你吧！”
留下这样一句话，思念化为了点点滴滴，御坂美琴完全消失了。
上条当麻本应再次被吸收，
但是，
这一次，
他选择想信自己打意志。
成为孤独者也好，悲所有人遗忘也好，只要能救回他们，只要能再次保护他们，世界的意志又算什么呢？
上条当麻用自己作为人类的意志吸收了神净讨魔。
他成为了世界。
整个宇宙关于他的历史也被记录在了永恒之中，永远的消失了。
世界恢复成了幻想杀手所修复的一般世界
上条当麻成为了孤独者。
本该是这样，
但是有三个人，被他救回来的三个人还记着他的名字，虽说不知道他是谁了，但是记住了他的名字，一直在思念他。
也就是这份思念，穿越了时空，来到了上条当麻的意识中，他落下了一滴眼泪。
……
在普通高中某高中上学的随处可见的普通高中生茵蒂克丝小姐，有一天在宿舍阳台上，发现了一个奇怪的刺猬头少年。