相较于女性，男性天生的生殖构造较简单，主要由睪丸、副睪丸、输精管和尿道四个部分构成;因此，男性不孕的原因相较女性也较为单纯，詹景全医师表示，男性不孕可分为制造精虫、运送、内分泌、射精和抗精虫抗体等5大问题，但仍有一部分是找不到原因的。
不孕类型1制造精虫的功能衰竭或不足
即睪丸制造精虫的功能衰竭或不足，导致精子发育不全、数量过少或异常。其中，以隐睪症、腮腺炎性睪丸症、精索静脉曲张是临床上较为常见的。
隐睪症是指男胎儿的睪丸没有随身体的成长掉到阴囊，而是停在腹腔内部，长时间下来造成睪丸温度升高，破坏精子的活动力，除了可能造成日后不孕，也会增加睪丸癌的罹患机率。
腮腺炎性睪丸症多半发生在年幼的小朋友身上，因罹患高烧，对精子的形成产生阻碍;至于精素静脉曲张，目前真正的发生原因仍不清楚，推测可能跟血液循环不良有关，另临床上发现，发生于青少年的比例较高，但随年龄增长会慢慢改善，约有10%的男性无法恢复，依程度轻重影响精子活动力。
原因
染色体异常、隐睪症，曾做过放射线或化学治疗、腮腺炎性睪丸症、精索静脉曲张等。
不孕类型2·运送精虫出问题
若说睪丸是制造精子的工厂，那副睪丸就是储存精子的仓库。睪丸制造精子，进入副睪丸后与体液混合在一起成为精液，然后再依序经过输精管à精囊à射精管à尿道，才能顺利射精，只要其中任何一个环节出错或阻塞，都会导致精子不能通过，形成不孕。
临床上以发炎最为常见，例如:前列腺发炎、肿大，常见于老年人，除了造成射精障碍，严重也会形成小便困难;另—常见问题为外伤，例骑乘脚踏跨坐，造成性器官受伤。
原因
副睪丸或输精管发炎(淋病、结核症)、前列腺或精囊发炎、先天性无输精管症、外伤或手术。
不孕类型3.内分泌问题
当脑下垂体或荷尔蒙分泌不足、失调时，可能导致精液无法形成，或是精虫的制造量减少、活动力降低。
原因
脑下垂体机能低下、下视丘病变、男性荷尔蒙不足、高泌乳素血症。
不孕类型4-射精问题
这类型的不孕问题，多半是因心理或身体上的障碍(如:阳菱)，造成不能正常射精的情况。
原因
精神心理因素(如:无法勃起、早泄、不泄)、尿道下裂或上裂、脊髓受伤、逆行射精(如:糖尿病、手术引起，或某些神经性病变)。
不孕类型5·抗精虫抗体
抗精虫抗体可能存在于男性的血液或精液中，也有可能存在于女性的血液或生殖道的分泌物中，其可能会使得精子活动力减少或阻碍精子发生受精作用。然而目前有关于精子的抗体检查并不能做完全正确的诊断，因有些人虽有抗精虫抗体，却仍能怀孕生子;有些人没有却仍不能受孕。