第一个带皮卡丘的应该是皮皮传，之后是特别篇和无印。据说本来给动画主人公定的搭档是皮皮，但是因为漫画版形象略粗俗就被排除在外了不过皮卡丘能有现在吉祥物的定位，我敢说百分之九十九都是因为动画

讲个笑话，小智作为以赤红为原型衍生的角色，实际上和赤红基本没啥关联度，除了借用一下家庭背景外基本就是全新的角色。反而赤红这个原型的人设有不少是靠吸收小智的人设才补全的。

最早应该是漫画《皮皮传》，1996年4月开始连载，主角为宝可梦皮皮，皮卡丘则是他的表弟。
是比较逗比的赤红带着皮皮和皮卡丘。
皮卡丘是第三话加入队伍的，应该是最早的赤红带着皮卡丘的设定。
某种意义上来说，皮皮传的赤红个性和宝可梦无印动画前期的小智有一定相似之处。

接着是漫画《宝可梦特别篇》，与1997年4月开始连载（存疑）
主角小赤一开始的伙伴为蚊香蛙，在大木博士处领到的初始宝可梦为妙蛙种子，皮卡丘为第一卷第四回加入队伍

《宝可梦》无印动画则是1997年4月1日开始播放，动画和漫画连载的时间相差不大，考虑漫画连载时间因素，特别篇漫画应该是在动画播出之后把皮卡丘加入了赤红的队伍。
随着宝可梦系列动画播出的大火，皮卡丘和小智逐渐绑定关系，继而影响到游戏中的赤红。《宝可梦 黄》的初始宝可梦改为皮卡丘，《宝可梦 金》《宝可梦 银》中最终对战赤红时，他的首发精灵为皮卡丘。后续的黑白日月也能发现他的队伍里有皮卡丘。
我没有玩过《宝可梦大师》手游，从B站的录屏来看，赤红的拍组为喷火龙或卡比兽，似乎游戏主角才会带着皮卡丘。不知后续是否会更新赤红和皮卡丘的拍组。
另外，在动画《宝可梦起源》中，皮卡丘也有短暂出场。
结论：也就是说，赤红带皮卡丘的设定最早应该是《皮皮传》出来的，而宝可梦动画的大火使得皮卡丘成为了赤红非常重要的搭档。

没记错应该是先有无印然后有黄版的，无印是皮卡丘是因为官方不想给初代御三家端水然后小茂的伊布应该也是因为黄版青绿的伊布来的，为了宣传新伊布就变成月精灵了
小智和赤红可以说差别还蛮大的，但是小茂和青绿差别是越来越小了，连阵容也是

其实我更好奇其他几个主角的阵容会是啥，赤红是皮卡丘、初代御三家、拉普拉斯+卡比兽两个定点宠
按这个套路推，其他主角会不会是这样
阿响：代表宠，二代御三家，然后在闪光暴鲤龙+波克比+胡说树+壶壶+伊布+神速快龙+无畏小子这些定点宠中选两个（我感觉闪光暴鲤龙应该是一定要有的，因为愤怒湖是金银篇里非常经典且重要的一个事件，和最后的白银山阿响赤红大战一样成了金银的一个标志性事件，所以闪暴因该是要入队的）
佑树：代表宠，三代御三家，变隐龙+漂浮泡泡+巨金怪+果然翁中选两个
小辉：代表宠，四代御三家，洛拖姆+伊布+波克比+随风球+路卡利欧+多边兽中选两个（感觉洛托姆因该是必有的，森林洋馆那么经典的事件）
斗也：代表宠，五代御三家，三只猴之一+火神蛾+索罗亚中选两个
卡勒姆：代表宠，六代御三家，初代御三家之一+拉普拉斯+路卡利欧
后面的以此类推，我个人猜测定队规律可能是这样

赤红是原型，小智是赤红在动画衍生物，除了样貌特征相似一点外其他差异很大。而赤皮后于智皮出现。

赤是宝可梦初代红绿的主人公，小智差不多就是阵容跟外观有点接近赤。游戏里赤说话只有...性格应该不太像，但动画特别篇的赤倒是挺接近小智的