自己看完的一些感想和猜测，感觉如果是游戏里面，这些都算是隐藏剧情和背景设定的部分，稍微有点剧透
首先是圣女道具，在玛丽艾IF线里面着重描写了道具里面的怨灵附身，根据web结尾玛丽艾的战斗细节，感觉作者在暗示怨灵是客观存在的以及玛丽艾由于血缘也是有圣女（也就是怨灵附身）资格的隐藏背景。反过来也暗示奥莉维亚按照第一部游戏剧情成为圣女也许并不是好事，精灵老婆婆里长的占卜和结尾灵魂对话也暗示了这些内容。
其次是圣树和伊蒂亚尔，第二部因为文库相比web改动很大，现在还觉得有点乱，不过有一点都一样，就是伊蒂亚尔要毁灭新人类，最后被迫借用圣树的力量。但是原本第二部游戏的剧情是劳鲁特家的阿尔贝鲁克与圣树融合成为最终boss，而且伊蒂亚尔理论上应该不会破坏圣树，所以很奇怪游戏剧情中boss的出现背景以及失落道具协助主人公打败boss的原因。
另外参考玛丽艾IF线，最后圣树融合有点像新人类要塞的魔装生物的效果，所以我猜测可能游戏剧情走向体现的隐藏背景是，伊蒂亚尔利用主人公的家族矛盾，打算让主角队伍成为巫女和守护者以此来控制圣树，劳鲁特家孤注一掷使用圣树力量来对抗，伊蒂亚尔判断被新人类操控的圣树会变成魔装生物所以协助主人公破坏圣树，最后留下圣树苗让主角队伍成为巫女和守护者即可。
然后是第三部游戏的boss，已知的是游戏剧情里面是魔笛召唤的天空+海洋守护者这两个（在里昂的转生世界里面第一部结尾就打包干掉了），web有一话里提到，游戏里这俩boss是第三部主角打一个，另一个交给第一部的主角团。
不知道我是不是看漏了，web里面好像没有提到游戏里有没有新人类要塞，不过web是参考游戏里米娅恢复健康的方法去攻略迷宫，所以说明游戏中要塞应该也客观存在（有可能像玛丽艾IF线里面那样在觉醒前已经被卢克西翁先行毁灭）。另外web里面好像还没说明过游戏中关于“公国又召唤守护者然后被帝国和王国的两队主角联手打败”的原因是啥。
最后是文库第六卷结尾奥莉维亚梦见卢克西翁的背叛，这个内容web是没有的，我个人猜测，作者加上这一段是打算为了在后续的文库里面把三部游戏完整重置版（web有提到）的背景设定（新旧人类）写得更充分些做铺垫吧。
对照第三部游戏的boss，感觉卢克西翁的背叛也许发生在第三部游戏剧情之后吧。很大可能是新人类要塞的残骸已不存在（如玛丽艾IF线），卢克西翁仅剩最后一个凭自己难以对抗的对手，就是公国的魔笛守护者。参考玛丽艾IF线，仅靠卢克西翁自己偷不出来魔笛，奥莉维亚不被旧人类遗物信任自然也不会被叫去协助，那只能在战场上利用主人公的能力收拾掉守护者，之后旧人类遗物就没有对手所以就背叛了。
总结下来，感觉整个三部游戏重制版的隐藏背景很可能是附身圣女等主人公为了报仇等理由去利用失落道具，但实际上也反过来被失落道具暗中利用来毁灭新人类。
上面这个感受也许并不是什么bad end路线，因为虽然游戏在剧情完结时侯都很美好，不过后来为了编续集，有很多都会在连续几部剧情之后新增一些和游戏背景设定有关的灾难事件，把之前的主角都弄没的（比如英雄无敌3到英雄无敌4就这么干的），然后来个全新开始。很可能作者构思的就是游戏三部重制版到第四部之间就有这样一个事件，然后第四部（web结尾给了点展望）来一个全新开始。
从这个角度看，第一部奥莉维亚的逆后宫结局也许是只顾眼前利益的的快乐，并不是拯救世界的长远的happy end，作者倒是打算在小说里写出一个里昂打破剧情解决隐藏剧情来拯救世界的长远happy end。
以上这些都是个人的感受猜测，不过话说回来，作者在创作时特意把恋爱游戏弄那么大世界观，也许就是为了表达“这种违反常识违反逻辑的恋爱剧情实际上都是在隐藏背景的阴谋引导下发生的”也说不定。