方案三
曲阜东站鲁南场拆分，鲁南正线经新设曲阜南站。
曲阜南站，站台2台4线，含2条正线，2条到发线。负责鲁南正线东西直行车辆。
曲阜东站6台15线，分别为:京沪场2台6线，2条正线，4条到发线。
鲁南场4台9线，（其中济枣2台4线，2条正线，2条到发线，
鲁南1台2线，，只设2个到发线，负责鲁南正线接入济枣正线。另设1台1线负责解决鲁南正线乘客下车换乘南下，变为2台3线，无鲁南正线，只设3个到发线）
为保障整个京沪和鲁南车辆正常安全运营，不造成东站南部调度困难和车辆堵车，从而造成整个京沪正线晚点，最终会影响到全国铁路网准时准点安全运营。为保证鲁南车辆驶入京沪正线，以及京沪正线驶入鲁南正线的车辆安全调度。
为不影响京沪，济枣，鲁南直行车辆运营，另设立三个线路所，分别为:曲阜东站南部鲁南高铁京沪连接线中间的南夏宋线路所，负责鲁南车辆，在京沪正线和济枣正线安全情况下，鲁南车辆才可以驶入京沪正线和济枣正线，从而让车辆安全进入曲阜东站后直达达北京，济南，枣庄。
设立小北山线路所，负责京沪和济枣方向，向西经曲阜南站直达菏泽方向的车辆，在保证鲁南正线直行车辆安全情况下，京沪正线和济枣正线才能驶入鲁南正线向西方至菏泽车辆。另设大王庄线路所，负责京沪正线和济枣正线车辆向东，经泗水南站至临沂车辆。
为保证鲁南正线畅通，新设曲阜南站，2台4线，2条正线，2条到发线，只停靠鲁南正线东西直行车辆。鲁南正线北上京沪和济枣的站台，均设在曲阜东站。所以鲁南整个线路中，设有曲阜东站和南站两个站点，两个站功能互补。
同时鲁南接入曲阜东站进入济枣正线后，在曲阜东站北部调头折返到达枣庄。
此方即保证三条线路直行畅通，又解决了鲁南接入东站不顺畅，以及方便调度，避免东站南站堵车，同时设南站也考虑到曲阜向南发展，也节约了投入，以及节约了占用耕地。因此为最佳方案。