最好举个实际的例子，有不发长音的，也有要发长音的

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长音严格定义上来说，是要同属于一个汉字才算长音。所以你说的这种情况不算长音，应该分开读。但实际生活中，因为语速的关系，听上去和长音也没什么差别了。比如体育一词，体的假名是たい，育的假名是いく，虽然两个い恰好连在了一起，但因为属于不同的汉字，所以不算长音。不过实际读出来嘛，也就那么一回事

顺便说一下，即使是长音，有时也不一定会连读，比如在日语歌中，歌手为了掐好节拍，常常一个假名一个假名地唱，哪怕有长音