耕地占据了三分之一的地表面积，还有三分之一被森林所覆盖。目前，温室气体正以前所未有的惊人速度使全球迅速变暖，而地表通过光合作用吸收大气中的二氧化碳，是降低温室效应的一个重要的办法。
     土壤，包括天然草原，是一个巨大的储碳库。只要运用一些简单的方法，就像有机农民所用的那些方法，仅土壤固存的碳就可以抵消掉温室气体总排放量的四分之一。有机农业能够优化可再生资源的以及农业生态系统中养分和能流的特征，同时避免耕地或干泥炭地中氧化亚氮和沼气的排放。相同的生产区，有机体系的排放量往往低于传统体系的排放量。
     要增加固碳能力要求土壤保持植被的覆盖。有机农业由于不再需要伐林垦荒，因此有助于减少森林砍伐。同时无需人工合成肥料来提高土壤的肥力，通过间作和淡季耕种豆科植物，利用其固氮作用来促进土壤肥力。这种方法并没被传统农民所采用，常年的混农林种植也能够保持单位面积内的生物数量以及与有机农场相当的碳储量，但这种做法还不普遍。
     有机牧场和有机畜牧业
     有机牧场和有机畜牧业的管理主要采用可持续放牧率（每公顷两个动物单位）和循环放牧策略。现有数据表明，牧场蓄养的和草饲的有机牛肉的能量比粮食喂养的牛肉低一半。有机畜牧业系统重新把动物引入到耕作系统中，集约农业依靠大量的施肥和外部投入，导致粮食生产成为了温室气体排放的主要原因，与之相比，有机系统中的养分和能量循环更加均衡。虽然有必要进行一些研究以改进这种喂养策略，但是更好的消化高品质草料能显著降低沼气的排放量。传统农场中肥料储存所释放的沼气要比有机农场高出25%。
     非矿物有机肥
     农用化学肥料和农药的生产、包装以及施用过程所消耗的能源在全部农业能源和化石燃料消耗量中占有很大一部分比例。合成农用化学品的使用带来大量的温室气体排放，无论在氮肥的生产过程中还是农田中使用的氧化亚氮——其温室效应潜值是二氧化碳的310倍。试验发现，非矿物有机肥能够增加土壤有机碳含量，从而将大气中大量的二氧化碳固化在土壤中。  
     农业中另一个消耗化石燃料的主要途径是用于耕地和灌溉的机械。根据最近的调查结果显示，尽管不耕地会带来杂草问题，还需要解决，但有机系统由于不使用耕地机械而能够避免的碳排放量约为879公斤/公顷/年。针对有机系统直接播种的研究刚刚起步。即使耕地，在地下30厘米以下有机土壤提供的碳和氮的浓度也比其他所有的土壤管理系统更高，并给土壤带来更大更长期的好处。此外，有机管理土壤中的生物保有量能够改善土壤的保湿能力，减少百分之三十至四十的灌溉需求。
     多样化的有机农场
     世界大多数饥民都是生活在半干旱农业地区的农民。在这些边远地区或是处于干旱等不利环境条件下，有机系统的表现要胜于传统农业。有机管理方法能够在多变的气候条件下提高当地的粮食产量，与传统农场相比，多样化的有机农场能够更顺利地经过自然演替过程，表现出更好的适应性，避免农业生态系统崩溃。
     无需生产工业化肥每年可为世界节省百分之一的石油能源，不再把这些化肥用在土地上还能降低30%的农业排放，要想抵消其他的农业排放——如牲畜肠道发酵、稻田、生物质燃烧和粪肥处理——要求耕地的固碳率达到400公斤/公顷/年，牧场则需达到200公斤/公顷/年，有机农业系统能够达到这一水平，即抵消掉80%的因农业导致的全球温室气体排放量。