在基因组内存在着通过DNA转录为RNA后，再经逆转录成为cDNA并插入到基因组的新位点上的因子，被称为逆转座子。或反转录转座子(retrotransposon或retroposon)。
    
逆转座子的整体结构与整合的逆转录病毒极为相似，其主要特征之一是在两端具有长的同向末端重复序列(Long terminal repeat, LTR)，而两个末端的每一个末端又各具备一个倒转重复序列。LTR主要携带有转录起始和终止信号以满足转录及转录后的RNA作为中介通过逆转录完成转座的需要。逆转座子含有内部编码区，编码与逆转录病毒的种群专一性抗原（group specific antigen, gag）和多蛋白（pol: polyprotein）相类似的蛋白质〔4)。与逆转录病毒的主要区别在于它不具备编码外壳蛋白的en、基因因而不具备感染能力。根据内部编码区中内切酶编码区和逆转录酶编码区的位置不同，通常把植物逆转座子划分为两组：一组的编码区组成顺序与逆转录病毒非常相似，其内切酶编码区在逆转录酶区的下游端，如百合的dellh 和松树的IFG7等因子都属于这一组、这一组逆转座子称为Ty3 / gypsy型；另一组内切酶编码区在逆转录酶编码区的上游端，如小麦的W is-3 ,拟南芥菜的Tal、烟草的Tnt1 以及马铃薯的Tst1 因子，这一组称为Tyl/ c opia型(T y3/ g ypsy和Tyl/ copia为研究得最为详细的逆转座子。已知逆转座子的转录活性是调节其逆转座行为最关键的一步，酵母和果蝇的逆转座子在正常的生命周期中就具有活性、同时还受到一系列环境和生理因子的调节，如幽醇类激素、胁迫（包括热激）、cAMP水平、和DNA损伤因子紫外线等。目前有关高等植物逆转座子活性调节的研究为数很少，以烟草的Tnt以及Ttol，逆转座子以及水稻的Tos17，逆转座子研究的最为详细，这些逆转座子在正常繁殖的植物中不具活性而在胁迫环境条件下其转录活性被激活。