总的来说，就是大家一起拯救了一位钻牛角尖的人的故事（？
限于日语能力有限，如果有出错的地方就拜托了（趴

首先新赛事青春杯本来是和Twinkle Series并行的赛事，但因为辞退的马娘太多，已经接近荒废状态，这次也是偶然在树宝的提议下，理事长重启了青春杯计划。赛事召开前理事长出差前往美国，挑选了URA干部成员樫本来代理理事长。樫本代理的理念就是【彻底管理】主义，严格控制训练时间，饮食，甚至包括训练中的对话内容。并且代理对特雷森学院目前自由放任的状态表示不满，决定重置学院规章制度。代理也认为青春杯过于强调团队行动，成员之间互相干涉，牵扯过多会造成冲突，决定彻底中止这个企划。

这种压迫式管理马娘们自然无法接受，树宝便前往理事长室找代理理论（树宝，我的超人），代理无奈决定在这次的青春杯决出胜负（前来抱怨的马娘太多了），如果不能战胜代理培养的团队，就说明代理的理念是正确的，全校无条件服从制度变更。
然后就开始了漫长的育成...
代理的队伍（ファースト/first）的核心成员就是这次原创的2位马娘，感觉上リトルココン的戏份多一点，比如中间和米浴因误会产生了冲突，自己过去的悲伤回忆等，后期最先主动提出自主训练的也是她。

剧情上玩家的队伍（树宝，乌拉拉，米浴，福来）和first私下较量过几次，虽然结果都是玩家输了，但是ココン发现两队差距越来越小，而且看到主角队其乐融融的样子，开始对代理的方针产生了怀疑，想用自己的努力突破代理给他们定下的既定目标。代理认为这不可能也没必要，双方意见产生了分歧...
这里作为插曲，理事长告诉了大家代理变成现在这个样子的原因，曾经代理也是一名训练员，并且在Twinkle Series中留下了不俗的成绩。但是在参加青春杯的时候，因为队伍成员水平参差不齐，有一位实力较差的马娘为了不拉后腿提出追加训练量。刚开始代理认为这很危险并不同意，但还是拗不过允许了。结果比赛时那位马娘因过度疲劳跌倒，腿部严重骨折，从此告别了奔跑的舞台，也从特雷森退学了。代理感到非常自责，认为是自己的放纵造成了不可挽回的后果，从此走上了为了安全排除一切不利因素，完全管制的道路。

剧情尾声，赛前ココン和组员全体向代理提出请假，并开始自主训练，代理一度陷入自闭，再一次感到了自己的失败。赛后（这里我被first吊打进入了败者结局），ココン现场对观众席上的樫本代理大声汇报组员刷新的最新记录，并袒露心声表示大家都很喜欢为大家考虑周到的樫本代理，但同时又希望代理能面对她们，相信她们能自己成长。代理在大家的帮助下走出了过去的阴影得到了救赎……（结尾暗示理事长最初选择樫本也是这个目的）
最后樫本为自己的行为道歉并辞去了代理理事长一职，决定成为训练员重头开始学习（当然担当的马娘就是ココン她们）。
END（论完全没戏份的米库和桐——生——院）

顺便一提，樫本代理的友人卡事件里表示代理是除了运动外全能型的人物，尤其是唱歌（但运动是连玩游戏厅里的跳舞机都是0分的那种），看起来很冷酷但有会主动帮主角一起搬书的一面。