我个人的理解是，最后依旧在负宇宙，最后的车站实际上是真嗣的补完，在真嗣和丽对话的地方明确指出的是真嗣并不会选择将时间重写，他想要做的只是将世界改写为没有EVA也可以的样子（让整个世界脱离使徒循环）。
那么为什么他会长大了呢？个人感觉这个外貌应该是心智的体现和真正岁数的体现。首先看看司令的补完过程中，司令的外貌是一直切换的。在自闭的那部分，司令是以小孩的形象出现的，而补完后和真嗣相拥是成人的形象。这可以代表司令在此时才真正的成长了。相同的还有成长后的明日香。所以感觉这个时候真嗣还在反宇宙里，一个能投射人内心的世界中，最后补完的就是真嗣，玛丽小姐按照约定来接真嗣，dss的解除也代表真嗣的的补完，最后两人回到那个丽，熏，明日香大家都在，百废待新，但不会再有Eva，有使徒的世界，也就如丽所说的新世纪，这个也是我比较倾向的结局，前面两个结局的一些说不通的地方比如，香为什么被发射到第三村，结尾逃生仓降落，脚印的镜头也说的通
题外话，为什么真嗣的补完场景是车站？这也是个很有意思的设定。列车在全剧其实一直都象征的旅途，而对于真嗣来说象征着逃避（每次跑路都坐列车）。车站代表着选择，既可以搭上列车逃走，也可以选择离开。这一次，真嗣在车站等待真希波的到来，没有选择搭上列车继续在虚幻的世界中徘徊，而是最后拉着真希波的手一同走出了车站，回到了三维的世界。这也意味着真嗣真正的长大了，不在逃避现实了。至于车站前三人，我认为是真嗣想象中没有Eva的大家可能的生活

最后车站那段我理解为，这是真嗣补完时刻的场景，由真希波来接他回到现实世界去，毕竟真希波从EVA跳下来，再从水中冒出来的那一刹那，碇真嗣一睁眼就到月台了，很明显还是属于意识流，而不是碇真嗣真的到了现实世界的月台。至于月台对面那三人，可能真嗣想象中没有Eva的大家可能的生活，真希波带着碇真嗣走上楼梯，碇真嗣的补完才真正结束，回到现实世界去与明日香等人重逢。至于最后的三次元世界，也和碇真嗣所要的“新世界”一样，痞子希望阿宅们也能走出房门，拥抱现实生活。

感觉明白了一些，我就说最后那一幕不可能是真实的结局，漏洞太多