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百字明的功德主要是消减罪障，就像洗澡可以洗净身体，百字明咒则可洗净我们的罪障，让我们得到更纯净的力量。
「百字明咒」具足了无边的力量，但念诵的人若没有信心和菩提心的话，那么这咒语的力量就非常的难以得到成就。如果你想要让念诵咒语的力量实现的话，就得如法的去修习。密经里谈到：有可能虚空会消逝，密咒的成就却永远不会消失。
金刚萨埵百字明是所有医治门中最值得赞美的，因为它能清除所有此类恶业。阿底峡尊者说:‘正如刚刚洗净的曼达盘，若放在灰尘很多的地方，就会立即又蒙上尘土；同样地，许多对真言乘誓约的轻犯，会经常突然发生。’如果你因此失望而问:‘菩提道成为我的一部分的那一时刻永远不会到来吗？’答案是:真言乘使用多种善巧方便。虽然你犯了不少违背真言乘的轻罪，可是只要你在一刹那之间使用这些善巧方便之一，就能把你所有的轻罪消除尽净！
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百字明颂——节录自《了义炬·活用佛法》/姜贡康着仁波切等着/慧炬出版社
不管是新密续或旧密续都一致宣称：念「金刚萨埵本咒」有无量立即和究竟的利益。一本印度作品把这一点总括起来说：
虽然陀罗尼、真言、手印、佛塔和曼达的修持包含五种胜智，但所他们所能积聚的功德不如念一遍百字明。无论是谁诵此百字明，他所累积的功德相当于庄严尘沙数诸佛的功德。
又说:
无论是谁诵此百字明，都不会受到疾病痛苦和夭折的袭击。
无论是谁诵此百字明，都不会为贫穷及灾祸所困。他的敌人会被打倒，他的愿望会实现。
无论是谁诵此百字明，都会求子得子，要财有财。如缺土地，即获土地！
凡是想要长寿的人，都应诵此百字明。当他以为寿命已尽之时，将会发现又增添三百年！ 他在世间无忧无虑，未来将往生净土。
无论是谁诵此百字明，都不会遭受食肉空行母、恶魔、僵尸的干扰。
无论是谁诵此百字明，即使作恶也会见到佛。
无论是谁诵此百字明，愚人能获智，不幸者会走运。无常与挫折将消灭，穷凶极恶者得清净。
无论今生来世，他都将是轮王，最后安住解脱，而登佛位！
据说，只要你努力修此观想和诵此咒，你那轻微的和普通的恶业即可完全涤清。你的重大恶业不会增加，而会受到抑制，并被逐渐除净。
一般说来，你若真正相信业果的道理，你就一定会懊悔你所造的恶业。这样，你的忏悔将是诚实的。
以上所说，似乎都暗示证悟之前必先涤罪。但是，我们之中的那些只是口头念祈祷文，假装修出家行，而没有真正的信心和悔意的人，要想获得证悟，就像乌龟有毛一样地不可能。
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百字明是金刚萨埵净罪法中所持之长咒，加行十万遍即指对此咒之诵持。除加行计数外，每晚临睡可持诵此咒七遍以忏除日间之过犯。法务仪式之结尾亦往往诵之补阙失。密宗弟子往往领有多尊之灌顶，无法全修，一方面可将诸尊汇入本尊而修之，另一方面则宜每晚念百字明以补阙。
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此百字明咒包含了新旧密宗一切如海寂静、愤怒本尊心咒之精华。
《无垢忏续》中说，百字明中一切善逝的智慧精华，能够净除所有的失戒与分别念的罪障，称为一切忏悔之王。
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南无金刚萨埵菩萨！
南无金刚萨埵菩萨！
南无金刚萨埵菩萨！