心灵迷宫作为游戏王决斗链接的永久活动，对平民非常友好。每天都可以参与心灵迷宫，两天就能打满能量一次。对于氪金，一天即可获得一套。

不同角色的心灵仓库规则不同。在进攻到城内之前，心灵仓库中怪兽只能是战士族、兽战士族。开始探索之后，在结束之前，心灵仓库都不能修改。

在心灵迷宫开始之后，获得一组初始卡组，通过移动地图的砖块，寻找到宝箱、卡牌、心灵碎片等，还可能遭遇怪物、随机事件等。在挑战过程中，需要不断强化卡组，游戏关卡获得卡组在探索结束之后消失。
打败怪物，完成指定条件，从而通关这一层的迷宫。心灵迷宫一共有四层。结束玩法的方式有两种，分别是结束探索和通关心灵迷宫。

通关心灵迷宫之后，可以获得许多心灵碎片。这些碎片可以兑换金币、宝石等。