以下的内容纯属我个人的推测的整理
EVA系列的设定借鉴了许多宗教相关的设定，比如使徒这个设定。
而在新剧场版中修改了部分使徒的设定，并且在８号看完终章之后，结合前面几部的剧情因此做出了“真嗣为第二亚当，也就是耶稣。”的这种推测。
第1：在新剧场版中，渚薫自己亲口说过自己是第一使徒，而第一使徒正是亚当。但因为渚薫只有亚当的灵魂，所以才沦为第十三使徒。
第2：在《歌罗西书》第15-16章中这样写道“爱子是那不能看见之神的像，是首生的，在一切被造的以先。因为万有都是靠他造的，无论是天上的、地上的，能看见的、不能看见的。”大数的扫罗认为耶稣的诞生是一个具有宇宙意义的事件，这个事件带来了一个“新人”，从而修复了亚当堕落所造成的破坏。正如约翰神学将耶稣看成是道成肉身从而宣布了耶稣诞生对宇宙的重要性，保罗的观点也强调耶稣降生意味着一个新人和一个新世界的诞生。与亚当不同的是，耶稣这个新人服从神，并引领着世界走向道德和救赎。在保罗的观点，亚当是第一个人，而耶稣是第二个：亚当因不服从上帝而腐化了自己，同样也污染了人类，在后代中遗传下咒语。耶稣的诞生抵消了亚当的堕落，带来了救赎，修复了亚当所造成的破坏。
第3：这次新剧场版的人类补完是由真嗣进行的，虽然最后被定唯推了出去，但不能否认他确实有牺牲自我的决心。而且这次的补完计划和TV版是不同的，TV版是开启新的世界，而新剧场版的最后是将恢复世界，人类也重新获得肉身。爱任纽主教也曾这样解释过圣经“当他道成肉身而成为人时，他重新开始了人类的历史，并以简单而全面的方式充实我们，给我们救恩；这样，我们因为亚当而丧失的东西——即上帝给我们的他的形象——可以在基督耶稣中重新得到。”
第4：冬月耕造在剧中后半曾称真希波为“依斯加略的玛丽亚”，这个词可能是“犹达斯依斯加略”和“抹大拉的马利亚”的结合体。而真嗣在人类补完完成后，一个人独自坐在负空间的海边。而那个场景的画面在逐步“降维”（没想到其他合适的词），从彩色变成黑白再变成线稿再变成白纸。突然真希波闯入其中，最后真嗣又恢复了色彩。正好对应了抹大拉的马利亚成为第一个看见复活后的耶稣的见证人。
不过为为何是使用了犹大名号的一部分，到底背叛了什么呢？这点我一时也没有考虑清楚。
因此我推测出真嗣为第二亚当也就是耶稣的这个结论，并且这也可以一定程度的解释最后的CP问题。
渚薫的灵魂是亚当，莉莉丝在在人界的化身则是绫波丽的形象。最后的那个车站的那个丽，我个人认为是获得了人性的莉莉丝。和薰一样，在真嗣的帮助下获得了人性，同时也得到了幸福，“离婚”的夫妇又复合了。而两位丽都去寻找属于自身的归宿去了。
而真嗣和真希波正好对应了，《腓力福音》中救世主的同伴（亚拉姆语在那个时候“同伴”这词，可能是指“配偶”）是玛利亚·抹大拉。耶稣经常亲吻她的"缺字"，爱她胜过其他门徒”的传说。
接下来就是争议最大的CP剑介和明日香 ，不过的明日香补完时原台词是这样的；
（内心独白部分）
明日香：“不知道爸爸是谁，也没有妈妈，所以我谁也不需要。我只有独自一人就可以了，如果不这样的话会感到悲伤和痛苦。被其他人嫌弃、被谩骂，只要能驾驶eva的话这些都无所谓，我的价值就是如此，不需要他人，拥有坚强身心的我....所以，请鼓励我吧，请承认我吧，请给我一个归宿吧……其实我一直很孤独……其实只是希望有谁能摸摸我的头。”
剑介：“就这样就可以了，保持你自己就可以了。”
（独白结束）
明日香：“我睡着了吗？马鹿真嗣？”
真嗣：“太好了，能再次见到你。有一些话一定要告诉你，谢谢你说喜欢过我，其实我也也喜欢过你。再见（这里用的是さよなら）了明日香，替我向剑介问好。”
真希波：“小公主，请多保重。”
这只能说，爱情的概念是一个复杂的东西，很多情感都可以装在里面，就如吧友“热心市民黄生”说得，明日香和剑介的关系更像旧版明日香和加持的关系。明日香在剑介那里得到了父爱。
然后就是关于世界重启问题，我个人认为终的结局并不是世界重启或者是其他世界，而是原世界的修复。
这就要从第三新村的定位上来讲了，第三新村是在末世中的一片净土，有色彩的地方，住民安居乐业。就连原本没有认识道自身存在意义和价值的“黑丽”，也在与村民的生活中找到了自我，以及生活的意义。这里就是人类的伊甸园，而最后世界全部都恢复了色彩，也就是全世界都成为了伊甸园。但是人类在这时应该是分成了两部分，第一部分就是第三新村原住民以及从战舰逃离的律子的那一批人，他们应该是拥有旧时代的记忆的。而从天上坠落的那些，由eva形态转换的人类则是新人类，他们应该是没有记忆的。
目前就想到这些，等回头二刷再看看其他细节。