1.组织被击垮，但没有被消灭，没有明说
2.柯南，灰原的秘密最后没有被揭开，所有相关的知情者决定永久保密。
3.灰原开发出永久恢复身体解药，但是只有3片。计划给柯南、自己、玛丽一人一片。
4.灰原偷偷彻底销毁了毒药和解药的配方。
5.优作夫妇装扮成柯南的父母，告诉侦探团和小兰他们柯南要去美国生活，大家很舍不得。步美说要等柯南回来一起踢球。毛利大叔吐槽到，终于这个小麻烦要走了，然后下意识的摸了摸后脑勺。但没有讲明毛利是否知道柯南的身份。
6.灰原最后一个吃解药，但是吃前犹豫不决，最后把药丢了。她的理由是，在成人的世界里已经没有了什么眷恋（爱人和亲人）。她想以一个小孩的身份重新开始，然后继续以灰原哀的身份活下去。
7.新一恢复了高中生的生活，又回到了日常。
8.毛利始终没有直接参与黑衣人相关的事件，仍然不知情这背后发生了这么多事情。
9.冲野洋子息影，毛利很难过
10.妃英理搬回了事务所，学起了烹调。毛利虽然还是浑浑噩噩，但是比以前更有工作干劲。时不时的吐槽“要事那个小鬼在的话。。。”
11.少年侦探团少了柯南之后很失落，光彦鼓励大家说没有柯南我们依然要成为最好的侦探团，灰原在旁边看到后会心一笑。
12.有希子告诉优作，她怀二胎了，优作非常惊讶。最后决定如果是个儿子就叫——工藤柯南。