「魔弾の射手」による「日本再起动计画」を止めるため、自らの命を犠牲にした折原マヤ（吉瀬美智子）。死の直前、マヤが藤丸（三浦春马）と音弥（佐藤健）に告げた「第三の皇帝」の正体―。それは、最强最悪の水素爆弾・通称「ツァーリボンバー」のことだった。
『教授』と呼ばれる男が「ツァーリボンバー」、そして「魔弾の射手」に辿り着く键を握っていると知った藤丸と音弥は、マヤに教えられた横浜の「ゴーパル」という店を访れる。店主らしき男に「『教授』を知らないか」と声をかけた藤丸たちは…。
教授の居场所に辿り着いた藤丸と音弥は、その部屋に置かれていたパソコンを操作し、ついに「ツァーリボンバー」の在り処を突き止める！藤丸からの连络を受けた加纳（松重豊）らサードアイメンバーたちは、すぐさま现场に急行。そこにあったコンテナの中身が「ツァーリボンバー」であることを确认するのだが…！？
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