前作中，经常需要开启X射线搜索一切可疑的场景，在MP中大大加强了这个系统，不但保留了传统的X射线，而且还加入了热能面罩以及扫描面罩。
扫描面罩:Sumas作为科学工作者，需要对被污染的神秘星球的人文、物种、生态等等方方面面做个全面的考察。通过和超级电脑的连接，既能够收集资料，比如鸟人留下的宝贵信息，加强了游戏者对于这个奇幻世界的了解；又能够对敌弱点进行分析，有效的提示了游戏者；还能激活机关。激活机关有时也成为一种迷题：比如通道的入口有机关枪把守，十分难缠。可某次竟然发现其实只要扫描一下不起眼的机关就可以把这些难搞的家伙关掉！
游戏中需要不断的扫描来增加完成度，很多敌人往往只出现一次，这样在激战中需要腾出功夫来对敌人进行扫描。有些意想以外的物体也是需要扫描的，偶然间扫描到了这种物质，真是非常惊奇呢。还很需要想象力的哦。扫描的发现乐趣使得这种新系统也成为游戏的一个乐趣点，加强了游戏的探索性。
热能面罩：可以感应发出热量的物质，黑暗的环境中，需要开启它来找到敌人和出路。而且很多冷酷的敌人需要它来发现弱点。
继承的X透视面罩:透视很多肉眼看不见、隐藏起来的东西。开启它来找到隐藏的房间、落脚点和敌人等。
游戏中各种道具往往需要游戏者开启各种面罩来反复搜索。搜查3D世界，相对2D画面视觉上的一览无遗又更增加了一层繁琐，但各种道具的巧妙摆放，比如经常路过又不太留意的地方。某些别有玄机、却视而不见的地方... ...
随着完成度的提高，这样的地方会越来越多，那种醍醐灌顶的快感也会越来越妙；因此，由于道具的巧妙放置和搜寻中视觉上的愉悦，使这种搜索趣味盎然。
游戏继承了Super Metroid的严谨风格，解迷的环环相扣令人叫绝。和以往一样，最初的Samus只有最简单的能力，绝大部分区域是对你关闭的。活用拥有的能力，通过细致的观察和操作进入新区域。然后又得到新能力，进入新区域... ...
随着游戏的深入，游戏者将会面对多种选择，需要记忆的地方很多，如果一处一处去探索，那将是极大的负担。然而游戏增加了适当的提示系统，提示游戏进行中可疑地区的发现，避免了前作的那种经常的迷失。
变球，银河系列的奇妙系统。匪夷所思。据说海盗妄图掌握这种能力，却在变球的实验中导致多名自愿者骨折身亡。于是只好停止。
MP中不但继承，而且还发扬了这个奇妙的系统。在变球形态中增加了“加速”和“磁”两种重要的新能力，发展出了新玩法。
加速：游戏中的U型地带需要使用加速的能力来达到新地方，掌握好这种能力是需要些技巧的，这属于游戏中观察和操作并重的解迷方法；
加速在战斗中还有十分重要的作用：选择有利位置进攻，或者躲避攻击。HARD模式下的各BOSS十分凶狠，很多看似难以避开的大杀伤力攻击是可以变球后加速离开以躲避的，当然正确的实际判断和准确地控制必不可少，面对着泰山压顶般的BOSS，心里素质也要过硬哦!
磁:得到这项能力后可以在特定的轨道上运动,延伸了游戏空间。这种磁力迷宫往往需要游戏者的对于磁力的有无来切换以达到目的，细致的操作必要。
对于３里变球的放置炸弹能力，MP里也做了发展：爆炸后弹起的技巧做了精简，只能连续放置3颗炸弹；利用爆炸产生的能量来激活开关则是新的运用。而游戏中一些开关摆放位置奇特，需要综合运用各种能力才能达到。
游戏保留了很多2D的要素，变球后的很多谜题都是2D形态的，而这些谜题能够和谐的融入道游戏进程中去，没有一点唐突。
这次的任务，还有另外一条重要的线：收集神器。而神器的所在是没有提示的，这可算是游戏解密中最难的部分了，某几个神器的摆放可谓匪夷所思。这到让我怀恋起前作来了：不需要为最后的决战特地收集什么。MP在这点上繁琐了，缺乏必要的提示。
也许MP缺乏Super Metroid那种传颂数载，神来之笔般的解迷，但迷题的整体素质却是非常高的。很多地方闪烁着灵感的火花，另人久久回味。几个例子，随手捻来：
