皮肤由表皮和其下的真皮组成。表皮从表面向内分别是角质层，颗粒层，棘层和生发层。表皮下面是真皮，是充盈大量血管的结缔组织，含有成纤维细胞和巨噬细胞。
病毒几乎完全不能侵入完整的皮肤，因为皮肤表面没有活细胞。皮肤在表面干燥，酸性和菌落的存在，形成一个相对恶劣环境，病毒从皮肤破损处侵入，从而接触到活细胞。HPV病毒初始感染表皮生发细胞，但是这群病毒不能在生发细胞中成熟，而是在颗粒层完成复制循环。
多数皮肤入侵者能感染面膜表面的上皮细胞，但是它们必须要穿越含有IGA和其他抗病毒蛋白的一层黏膜屏障。
性传播病毒经泌尿生殖道进入分两种进入形式:如HSV-2和HPV在生殖道黏膜复制，而HBV和HIV不在上皮细胞复制，而是在急性期的病毒血症可能通过接触血液而传播。
HIV感染皮肤和黏膜下组织的CD4+T细胞，巨噬细胞和树突状细胞，然后进入淋巴结。