结合商合杭高铁、郑开商城际铁路建设商合杭高铁新区站；现状商丘南站经停京九铁路和南商济客货运铁路；郑开商城际铁路新建宁陵站和商丘机场站，宁陵站按客货运共用站控制；邢商永铁路新建夏邑南站；三洋铁路禹亳段与邢商永铁路在新建的永城站共站；南商济铁路新建柘城客货运站。在商丘中心城区的西北郊李梅楼村规划服务郑徐和京雄商高铁的动车运用所。
合理布局铁路货运枢纽，打造便捷完善的铁路物流系统。京九铁路提升商丘南站的铁路货运站点运输能力，保留伊尹站、木兰站，增强市域南北向铁路货运运输能力；陇海铁路新建陇海铁路货运站，保留民权站、宁陵站、孔集站、谢集站、虞城站的货运功能和等级；三洋铁路禹亳段新建水铁联运的安平站。
