剧情任务都是相对独立的，你的选择并不会对其他任务有什么影响。唯一例外的就是如果做完内战再去推主线，那么就不会有和平会议的那段剧情了，其他的你看心情选就是了。
顺便，比起摧毁兄弟会，选择加入会有更多的任务和奖励。