以下转自某解答：
理清概念，才能明白，通俗地说：
（1）【预付款】一般是承包人还没干活，发包人先“借钱”给承包人买材料的钱;。借的钱，在承包人干活过程中（进度款）要还给发包人。有借有还，两不相欠（但预付款是承包人事实上拿到手的钱）。——这就是进度款中扣预付款。
（2）【进度款】中扣质保金，应该反过来想：如果进度款中没扣质保金，那“约等于”将钱全额支付给承包人了。——这是进度款中扣质保金。
（3）【结算款】是“结算时（缺陷责任期没结束）”承包人按合同约定，还有多少钱可以获得。结算款的计算基数是“实际总造价（承包人实际完成的钱）”；【结算款=实际总造价-质保金（因缺陷责任期没结束）-预付款（承包人事实上拿到手的钱）-已付款（承包人进度款到手的钱）——这是结算款中扣除质保金、预付款。
（4）结算款【不等于】实际总造价（承包人实际完成的钱）。
本人的理解：
理解这问题关键在于，“但预付款是承包人事实上拿到手的钱”这句话。
理解这问他关键在于，“但预付款是承包人事实上拿到手的钱”这句话。
理解这问题关键在于，“但预付款是承包人事实上拿到手的钱”这句话。
进度款扣除预付款只是账面扣除，而不是让你用真金白银还钱，所以教材竣工结算款的思路在于：工程竣工结算款=合同实际总造价-质保金-实际已经支付过的全部工程款=合同最后实际应拿到多少钱-质保金-实际已经拿到了多钱（这里包括两部分实际拿到的钱：1.开工前收到的预付款；2.实际到手进度款总和，是减去预付款扣回后的其余部分，也是实际拿到的进度款总和）