临床观察，约有10%左右的强直性脊柱炎患者的HLA-B27为阴性，其临床症状较轻，全身症状及外周关节炎发生率较少，家族聚集现象、明显的脊柱X线改变和眼炎的发生率比HLA-B27阳性要低。
有报道显示HLA-B27阳性的患者与HLA-B27阴性患者均主要以腰骶部及外周关节疼痛为首发症状，且都存在以骶髂关节疼痛为首发症状的现象。HLA-B27阴性的患者出现全身症状(包括发热、出汗、倦怠乏力等)的比率明显少于HLA-B27阳性的患者，且临床正较轻，外周关节炎发病率较少，而出现髋部疼痛的比率无明显差异，强直性脊柱炎的髋关节受累是强直性脊柱炎预后不佳最敏感的指标，约有94%的强直性脊柱炎患者在发病5年内发生髋关节受累，最初多为单侧，74%可发展为双侧，其中30%最终出现永久性的关节功能丧失。
HLA-B27阴性患者脊柱的竹节样变发生率较低，且由于疾病本身而出现髋关节的严重X线改变者在HLA-B27阴性的患者中明显少于HLA-B27阳性的患者，有个别报道HLA-B27阴性的患者髋部疼痛甚至达10年，仍无髋关节的影像学改变。
HLA-B27阴性的患者占强直性脊柱炎的10%左右，因而HLA-B27阴性或阳性不能肯定或否定强直性脊柱炎的诊断，即HLA-B27阳性不能被列入强直性脊柱炎的诊断标准之一。但是对于怀疑强直性脊柱炎的患者，可行HLA-B27的检查，以间接的判断病情，对于已经确诊的强直性脊柱炎患者，HLA-B27可作为判断强直性脊柱炎预后的指标之一。