在神奧傳說中，整個宇宙，包括精靈寶可夢世界，是由一位名為阿爾宙斯的寶可夢創造的。
阿爾宙斯從虛無之地的蛋中誕生，是第一隻存在於世界的精靈寶可夢。
接著阿爾宙斯創造出帝牙盧卡，帕路奇亞，還可能包括騎拉帝納。
阿爾宙斯分別給了帝牙盧卡與帕路奇亞掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則掌控反物質的能力，它存在於另一個次元之中。
接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆，由克希，和艾姆利多，分別代表共存於現代的人類和精靈寶可夢之中的意志、知識與感情。
它們生存於今天被稱為立志湖，睿智湖，心齊湖的湖泊的異空間裡，被稱為湖中的傳說寶可夢。
在此期間，夢幻在精靈寶可夢世界誕生，並包含了當時及未來存在的全部精靈寶可夢的遺傳基因

固拉多與蓋歐卡的大戰
很久很久之後，固拉多從地底的岩漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成於臭氧層的物質中。
烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。
固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。
兩隻超古代寶可夢終於碰面，帶來了為爭奪在寶可夢世界之初的優勢而進行的激烈戰鬥。
烈空坐最終平息了這場戰鬥，並使得固拉多與蓋歐卡回到各自長眠的洞窟中。
為了防止兩隻超古代寶可夢再度醒來，朱紅色寶珠與靛藍色寶珠被製造，並保管於送火山。
當時，夢幻在世界各地出現，有相當多的分布數量。
除此之外，精靈寶可夢世界中出現了天冠山一類的地塊，隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區
在天冠山周圍形成的是神奧地區。在這場造山運動中，神奧地區的東北部出現了嚴酷山，在其中的岩漿中誕生出席多藍恩。
阿爾宙斯創造了金剛寶珠、白玉寶珠和白金寶珠，之後進入了長眠之中。

遠古時期的未知圖騰
許多年之後進入了史前時代，並出現了多種存在於那個時期的精靈寶可夢。
考古學家已證實這些精靈寶可夢分布於各個陸地，在今天形成了化石並包含著精靈寶可夢的遺傳基因。
這一時期可能夢幻的數量開始減少，世界上更多地存在其它種類的精靈寶可夢。
除了精靈寶可夢之外，精靈寶可夢世界上還出現了人類。
在石器時代、冰河時代和鐵器時代，分別出現了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地區，並作為打開在切鋒神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。

燒焦塔在被燒毀150年之後
約3000年前，卡洛斯地區發生戰爭。當時的國王ＡＺ的寶可夢朋友花葉蒂死亡。ＡＺ因而開發出了最終兵器。
1500年前，最早的文字書寫方式在阿露福遺蹟、阿斯卡納遺蹟和隨意遺蹟出現。
考古學家尚不能確定未知圖騰和這種書寫方式究竟哪個最先出現，但顯然它們之間有某種關聯。
在此時期，鯉魚王的種群發生突變，成為了最脆弱的寶可夢。
約800年前，在臨死之際，哲爾尼亞斯 釋放X/伊裴爾塔爾 吸取Y了卡洛斯地區的生命能量，之後在森林X/山脈Y陷入沉睡。
在700年前的近代，在圓朱市相繼建造了9層高的鈴鐺塔和鍾之塔。
兩座塔象徵著寶可夢與人類之間的友誼和共同生活的希望。
從塔頂一覽的情景十分壯麗。西邊的是喚醒寶可夢的鐘之塔，而東邊的塔是寶可夢的休憩之處。
據說在當時，一隻巨大的銀色寶可夢棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。
然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。
洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦列島棲息。
在那時起，第一屆寶可夢聯盟比賽開始舉辦。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造寶可夢多邊獸。

上面那个图怎么像两只飞起来欺负不会飞一只呢

槍柱上的帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納
在數年前，人類從夢幻的基因中克隆出超夢，超夢逃脫了人類的控制並破壞了紅蓮島上的寶可夢屋。
不久之後，紅蓮島的火山噴發破壞了島上的許多區域。另外熔岩隊和海洋隊的首領喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地區開始變得寒冷。
敵對組織銀河隊使用紅色鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。
由於主角的干涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是毀壞的世界的入口。
騎拉帝納和銀河隊首領赤日進入了毀壞的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地區恢復了平和。
在近年，以Ｎ為首的等離子隊在合眾地區活動。
魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表面上是想解放寶可夢，實際上在醞釀更大的陰謀。
而N則為他的理想收服了捷克羅姆或萊希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在合眾八位道館館主的幫助下，喚醒了另一條龍寶可夢在Ｎ的城堡及時阻止了N，但N幕後的魁奇思露出了他的真面目。
由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，N乘著捷克羅姆或萊希拉姆飛走。
國際刑警帥哥在主角的幫助，逮捕了等離子隊餘黨，合眾地區的風波被平定。
2年後，等離子隊分裂成兩派。魁奇思帶領等離子隊企圖用酋雷姆的力量把合眾地區冰凍，後來被主角及N阻止。
魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆B2或萊希拉姆W2 合體。
最後，酋雷姆被主角制服，合眾地區免於受到危機。
就在這段時間裡，卡洛斯地區的閃焰隊打算使用「最終兵器」改變這個世界。
因而喚醒了哲爾尼亞斯X或伊裴爾塔爾Y。
主角制伏了它們以後，卡洛斯地區3000年前的國王ＡＺ的後代，閃焰隊首領弗拉達利使用能進行超級進化的寶可夢打算阻止主角離開閃焰隊秘密基地。最後，主角成為冠軍，回到密阿雷市接受表揚。
ＡＺ與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地區脫離了危險
近年，以太基金會理事長露莎米奈為收集究極異獸，她通過一系列手段打開了究極空間，
但是她的女兒莉莉艾和兒子格拉吉歐都離她而去。
之後以太基金會分部長扎奧博邀請了主角和哈烏來到以太樂園，
在他們與露莎米奈一同見到了ＵＢ０１：寄生物，之後乘勢綁架了莉莉艾。
在主角和哈烏解救出莉莉艾後，主角和莉莉艾前往到波尼島，讓小星雲進化為索爾迦雷歐S／露奈雅拉M，
並進入究極空間讓露莎米奈迷途知返。
在打敗了露莎米奈後，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。
主角一行人乘坐索爾迦雷歐S／露奈雅拉M返回到阿羅拉地區。

世界創世傳說及阿爾宙斯與雷吉奇卡斯一族的大戰
在神奧地區各處（除了地下通道）找到的石板背側刻有一些銘文，記載了世界創始的傳說。
這些銘文在找到石板時通過對話框一次性顯示，銘文與石板沒有對應關係。
在『白金』中，水脈圖書館二樓的登山男會記錄主角找到的銘文並整理成冊，隨後去往黑金炭坑
以下是整理後的石板銘文：
“宇宙初創之時，碎片合為石板。
注入石板之力，敗北巨人之力。
本源釋放二身，銘為時間空間。
本源創造三位，聯結時間空間。
二為萬物，三為精神，祈禱誕生，共塑世界。
宇宙未生，本源獨存。
石板之力，萬物同享。
掌握石板之物，可得萬變之力。

高产

希望氵怪们能学学，把氵帖提高点质量

同時，阿羅拉進入初始形成時期，但沒有光明，天邊三隻傳說中的寶可夢出現
索爾迦雷歐，露奈雅拉與奈克洛茲瑪給阿羅拉帶來了光明，隨後奈克洛茲瑪漸漸消失了光，
進入沉睡之中，索爾迦雷歐與露奈雅拉也消失在了天邊。
約20000年前，無極汰那伴隨隕石降落到伽勒爾地區，扭曲著周圍時空，散發的能量令那裡寶可夢出現極巨化。
無極汰那和代歐奇希斯等宇宙寶可夢一樣來自地球以外，側面證明了地球以外存在寶可夢生命跡象。

若干年後，伽勒爾聯盟的會長洛茲使用一系列手段喚醒了無極汰那，
並稱要「保護伽勒爾地區的未來」而獲取無盡能源。
後來，主角一行人來到了微寐森林並找到了腐朽的劍和盾。
主角與赫普隨即趕往拳關競技場並來到了地下工廠中。
主角遇到了洛茲並與他對戰，洛茲在戰敗後闡述了他的理由。
在洛茲大廈樓頂，丹帝試圖使用精靈球收服無極汰那，可惜並未成功。
這時，主角與赫普挺身而出，但他們的攻擊對無極巨化後的無極汰那沒有效果。
此時，他們想起了腐朽的劍和盾，並拿出了它們，蒼響和藏瑪然特出現並與兩人共同作戰，最後成功擊敗了無極汰那。
最後，主角在微寐森林再次與蒼響SW/藏瑪然特SH相見，並讓伽勒爾也恢復了和平。

進化
在神奧傳說中，寶可夢和人類最初並不分彼此，屬於同一個種群。
隨著時間的推移，一部分生物演變形成了人類。
這種說法在寶可夢世界中提到很多次，但並未得到證實。
夢幻被認為是寶可夢的祖先，它演化成為其它寶可夢。
最早的人類誕生於數百萬年前的石器時代。
在生物學和遺傳學上，所有的寶可夢都同屬一種物種的不同分支，所以即使是不同種的寶可夢也有可能在培育屋中生蛋。
在現代的寶可夢世界，進化一詞專指寶可夢在生長到一定階段、或在特定條件下轉變為另一種寶可夢的過程。
進化並不只是體型變大，一般進化形態的寶可夢擁有更強大的種族值，學會不同的招式，甚至改變屬性。
許多寶可夢都可以進化。
寶可夢的進化，更類似於現實世界的生物變態而非進化，和進化一詞相似的其中一個案例是結草兒，它會根據環境來改變進化後的形態。