Q:可不可以让两个房间里的实例同时保持运行？
A:不可以，只有“房间内存在的实例”才会执行相关动作。
Q:比如我第一个房间设置全局变量money，设置持续。
A:不可以，变量没有“持续”属性。但全局变量不会在房间切换时消失。
Q:在第二个房间的可见实例里设个时钟，不设持续，每分钟money增加100。这时我再切回第一个房间，但是money却不会再增加了。
A:理论上这里不单单是“不再增加”，而应该会“回到初始值”，除非你有些地方的描述与制作事实不符。
Q:有没有什么办法让第一个房间继续增加，并且不让第二个房间的实例出现在第一个房间？
A:只要A房间里有实例能确保global.money每分钟增加100，方法实在是太多了……不过我有几个问题要反问：
RQ1：（目的/设计意图）money是在什么时间定义的初始值？
RQ2：（目的/设计意图）money是在什么情况下自行增加，一开始就会还是进过房间2以后才会？
RQ3：（目的/设计意图）money在什么情况下需要回到初始值？
RQ4：（方法/架构）房间1和房间2存在较大的逻辑差异还是仅仅是地图编辑上的“地理位置”差异？//即是否考虑按单个房间来处理
RQ5：（现状/BUG处理）如果是在房间1进行的初始化全局变量/生成某个持续的instance，每次从房间2回到房间1时是否会发生全局变量的值被重置/持续的instance数量增加？

楼上吧主大大已经回答不可以了。。
不过，仔细看了下楼楼的问题，我猜测下你的目的，你是希望在特定房间内获得一个buff对吗？
那么这种的常见做法是不是可以换个思路解决，直接把代码写在人物的object身上，通过判定当前所在房间来增加buff，
比如
if（当前房间 == 增加money的房间）{
timer += 1;
if(timer == 3600){
money += 100;
timer = 0;
}
}

嗯，知道两个房间的实例不可同时运行就好了。我的设置是这样的，在第一个房间里放一个不可见的实例，让它持续，命名全局变量money，并且把money的数值绘制在房间上方。然后设置一个按钮点击就会切换到第二个房间。第二个房间里放一个实例，每十秒增加50money，并且也设置按钮可以回到第一个房间。这样只要在第二个房间money每十秒就会增加50，切回第一个界面后，money不会回到初始值，但是也不会再增加。我现在明白了只有当前房间的实例会运行就可以了，我就麻烦点，给那个实例设置持续，让实例在第一个房间不可见在第二个房间可见。

让两个房间的实例同时运行有一个很邪道的方法。
给每一个实例都写上一个变量_room，用来保存它们所在的房间，在执行各种事件的时候如果当前房间不是那个房间的话就直接返回，并且全部都勾选保持。
在碰撞啥的时候，检测_room不一样就不碰撞。（最好别使用默认的碰撞函数，会出大问题）
不过鉴于这种方法特别麻烦，而且会导致有大量实例，所以想想就好。