同济医院回应称，该院在历史上最早使用“同济”商标，是该商标的真正拥有人，不存在“恶意抢注”。
而据商评委认定，系争商标原注册人“同济医科大学”使用“同济”名称具有历史承袭关系，并曾在医学教育领域中获得了一系列重大科学成就，在此情况下，其在学校、医院等服务上进行商标注册，不能认定其便有出于借用同济大学较高声誉的恶意。
同济大学因不服国家工商行政管理总局商标评审委员会（以下简称商评委）对第1241983号和第1255816号“同济”商标作出的争议裁定，将商评委及第三人华中科技大学同济医学院附属同济医院（以下简称同济医院）告上法庭。2010年5月25日，北京市第一中级人民法院开庭审理了此案。
北京市第一中级人民法院判决：同济大学的上诉理由缺乏事实和法律依据，其上诉请求本院不予支持。一审判决认定事实清楚，适用法律正确。依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十一条第（一）项之规定，判决如下：驳回上诉，维持原判。
2012年，北京市高级人民法院对此前两案作出“驳回上诉，维持原判”的终审判决。(详见京市高级人民法院〔2012〕高行终字第703号行政判决书)

也就是，从来没有所谓的华科向同济大学打官司争夺“同济”二字，而是同济大学意图争夺同济医科大学早已注册的“同济医学”商标。这段历史早有定论，因为商标争议实质反应了同济医学的争议，而从历史传承、社会及业内认可度来讲，同济医学的品牌毫无疑问是在武汉，在华中科技大学同济医学院。
也希望广大路人及华科、同济大学双方校友不要受别有用心之人的挑唆，一段经过法院审理结案近十年的争议又被拿出来说事，毫无疑问显示出了某些黑子的人品之低下，用心之卑劣。

尼玛，明显自己意淫，同济大学，同济医学院都有权使用同济医的商标，同济医学院搬到武汉前叫同济大学医学院，是同济大学最重要的部分之一，同济大学不拥有同济医商标，谁拥有？华科就会玩双标，当年是怎么拐走同济医的去问问你们老校长吧

这位大兄弟，真会装无辜，同济的招牌本来就该属于同济大学！！你解释有毛用，同济医学院身上流淌着同济大学的血，反正不是你华科的血。跟你华科没有一点点血缘关系，你记住一句话，世界上有一种割舍不断的血缘，叫打断骨头连着筋！

这位大兄弟，真会装无辜，同济的招牌本来就该属于同济大学！！你解释有毛用，同济医学院身上流淌着同济大学的血，反正不是你华科的血。跟你华科没有一点点血缘关系，你记住一句话，世界上有一种割舍不断的血缘，叫打断骨头连着筋！