说一下你完整的步骤
不同步一般问题都出在视频上，看看视频的总长度对不对

楼主意思是先把视频封装成mkv，把音频封装成mka，再来合成？
是不是你压 x264 的时候参数没弄好啊？

楼主意思是先把视频封装成mkv，把音频封装成mka，再来合成？ 
是不是你压 x264 的时候参数没弄好啊？  
 -----是的，先把视频封装成mkv，把音频封装成mka，再来合成这样出来的mkv播放没有同步问题！
x264 "c:\qws.avs" --level 3.1 --crf 33 --ref 1 --bframes 1 --partitions p8x8,b8x8,i4x4 --deblock 3:3 --b-adapt 2 --me hex --merange 4 --subme 1 --threads auto --thread-input --output "c:\qws.264"
参数没问题吧，不知道跟我压的源有没关系，源是高清电视的ts流，直接导入avs然后压！
音频方面，我是用ERP压成real-aac

x264的参数没有影响的，我需要看的是你avs里的内容

DirectShowSource("D:\qws.ts")
ConvertToYV12()
LanczosResize(640,480)