关于指法表的一个疑问

首先请问现在笛子是按十二平均律做的还是按三分损益法的十二律做的？
然后下图的这张指法表#3和4不是理论上是一个音吗？
即使十二律和十二平均律音准有偏差，写起来应该还是C #C D #D E F #F G #G A #A B这样十二个吧？
感谢解答！