Linux下的R安装工具包时权限的问题，求教

Linux环境，普通用户（有root用户密码）。
安装R时，需要用root用户，所以基础包都在根目录。
使用R时，使用普通用户权限打开R，安装包一般都在用户目录有文件夹。
情况一：安装某些包时，R需要调用根目录下的某些配置文件，进行修改。这时权限不够会导致失败。
情况二：用root用户权限打开R的话，完全使用根目录中的包，不调用普通用户目录下的包（这根本不行）。
这个矛盾怎么解决呀？有没有大神解决过这类问题？